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申请/专利权人：山东大学
摘要：本公开提供了一种分子动力学模拟软件的并行PME的加速优化方法及系统，将计算任务拆分成多份，分配至超级计算平台的各个从核上，利用从核进行计算；在计算过程中的快速傅里叶变换中，利用数据分块，从核完成矩阵转置的数据复制；主核使用DMA的方式获取各从核的计算结果，并将各计算结果合并及向量化，主核使用RDMA技术代替传统的MPI技术来获取其他主核的数据。本公开能够使分子动力学模拟软件顺利在超级计算平台上进行加载，同时能够提高计算性能。
主权项：1.一种分子动力学模拟软件的并行PME的加速优化方法，其特征是：包括：将计算任务拆分成多份，分配至超级计算平台的各个从核上，利用从核进行计算；在计算过程中的快速傅里叶变换中，利用数据分块，从核完成矩阵转置的数据复制；主核使用DMA的方式获取各从核的计算结果，并将各计算结果合并及向量化，主核使用RDMA技术代替传统的MPI技术来获取其他主核的数据。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 山东大学 分子动力学模拟软件的并行PME的加速优化方法及系统
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