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申请/专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司

摘要：本发明公开了一种基于PacBio测序的全长转录组测序数据的分析方法、存储介质及设备。本发明设计全新的分析流程，该流程从原始的Iso‑Seq读取生成FLNC，再将其映射到基准基因组，最后折叠比对生成BED格式的基因组注释，不仅简化了注释过程，而且进行了更深入的全长序列结构分析，涵盖了可变剪接、SSR分析、LncRNA鉴定、基因家族研究、转录因子识别以及多聚腺苷酸化变异分析，此外，还设计有意义性的个性化分析，具体包括结果数据的整理与绘图可视化，针对物种选择不同分析方法，使得针对Pacbio三代全长转录组测序数据的分析流程更全面、完善。

主权项：1.一种基于PacBio测序的全长转录组测序数据的分析方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：S1：对PacBio全长转录组测序数据中的一致性全长序列进行分类与校正；S2：若具有参考基因组，将步骤S1得到的全长一致性序列与参考基因组进行序列比对；若不具有参考基因组，根据全长转录本，构建"fakecontigs"；将步骤S1得到的全长一致性序列与"fakecontigs"进行序列比对；S3：利用步骤S2比对结果获得bam文件，进行去冗余，得到非冗余转录本序列及其注释文件；S4：对步骤S3得到的非冗余转录本序列进行转录序列完整性的评估；S5：根据步骤S3获得的非冗余转录本序列的注释文件，进行可变剪切分析，对分析结果进行整理获得不同方式的可变剪切结果数据；S6：若具有参考基因组，根据步骤S2获得的比对结果，进行可变多聚腺苷酸化分析，若不具有参考基因组，则跳过此步；S7：对步骤S3获得的非冗余转录本序列的编码区和对应氨基酸序列进行预测；S8：将步骤S3获得的非冗余转录本序列与转录因子数据库进行逐一比对，获得转录本序列的转录因子预测结果；S9：对步骤S3获得的非冗余转录本序列进行lncRNA预测，对预测结果取交集作为最终的lncRNA预测结果；S10：对步骤S3获得的非冗余转录本序列进行融合基因分析；S11：根据步骤S3获得的非冗余转录本序列，识别和定位简单重复序列，进行SSR预测分析；S12：转录本功能预测分析：根据S4获得的高质量非冗余转录本序列，将步骤S3获得的非冗余转录本序列与NR、GO、KEGG、Pfam和UniProt数据库进行比对，获得转录本序列在各数据库的注释信息，并对各数据库注释信息进行统计汇总。

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