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申请/专利权人：河北农业大学
申请日：2024-01-16
公开（公告）日：2024-06-04
公开（公告）号：CN118136105A
主分类号：G16B25/20
分类号：G16B25/20;G16B20/20;C12Q1/6895
优先权：
专利状态码：在审-实质审查的生效
法律状态：2024.06.21#实质审查的生效;2024.06.04#公开
摘要：本发明公开了一种快速获得特异性强多态性好的SSR引物的系统及方法，所述快速获得特异性强多态性好的SSR引物的方法是基于系统实现的。本发明属于生物遗传学领域，相比于现有技术，本发明技术方案具有以下优点：以快速获得特异性强多态性好的SSR引物的系统作为筛选基础，可以筛选出直接特异性强、多态性好的SSR引物，为科研工作节省大量的时间和成本。
主权项：1.一种快速获得特异性强多态性好的SSR引物的系统，其特征在于，该系统根据收集的不同种源地的SSR植物样本的重测序数据以及现有公开的该SSR植物染色体水平的参考基因组，结合java语言开发得到；该系统具体包括预处理模块、突变数计算模块、最优方案生成模块、匹配模块和汇总整理模块；所述预处理模块负责将SSR位点及其相应设定的上下游引物整理并生成文件，然后在所有的引物序列中找到具有独特性的引物序列；所述突变数计算模块负责将所有引物进行按照相同位置碱基的逐一对比，再次归类为不同的特异性等级；所述最优方案生成模块负责根据引物的设计原则将筛选出的独特性引物进行评价，并在此筛选出评价较好的引物；所述匹配模块负责将经过处理的重测序数据和之前筛选出的独特性引物相匹配，整理出每一组重测序数据和独特性引物的匹配结果；所述汇总整理模块的负责将所有匹配模块的输出结果整理在一起，得出引物的独特性文件。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 河北农业大学 一种快速获得特异性强多态性好的SSR引物的系统及方法
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