申请/专利权人：北京科技大学;北京科技大学顺德创新学院

申请日：2023-12-28

公开（公告）日：2024-06-18

公开（公告）号：CN117766027B

主分类号：G16B30/00

分类号：G16B30/00;G16B40/00;G06N3/042;G06N3/0499;G06N3/08

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.06.18#授权;2024.04.12#实质审查的生效;2024.03.26#公开

摘要：本发明公开了一种DNA序列增强子‑启动子交互作用识别方法及装置，属于医学工程技术领域。所述方法包括：获取细胞系对应的增强子‑启动子交互作用数据集；将数据集中的DNA序列对输入到预先训练好的自然语言模型中，获得每个DNA序列的词嵌入编码；利用获取的词嵌入编码构建图结构数据；利用图结构数据对图神经网络模型进行训练，获得训练好的图神经网络模型；获取待预测DNA序列对并输入到预先训练好的自然语言模型中，获得每个待预测DNA序列的词嵌入编码；根据预测的词嵌入编码构建图结构数据；将待预测图结构数据输入训练好的图神经网络模型中，获得DNA序列对中增强子‑启动子交互作用识别结果。采用本发明，可以提高增强子‑启动子交互作用识别准确率。

主权项：1.一种DNA序列增强子-启动子交互作用识别方法，其特征在于，所述方法包括：S1、获取细胞系对应的增强子-启动子交互作用数据集；S2、将所述增强子-启动子交互作用数据集中的DNA序列-DNA序列对输入到预先训练好的自然语言模型中，获得每个DNA序列的词嵌入编码；S3、根据所述每个DNA序列的词嵌入编码对图结构数据进行构建，获得构建好的图结构数据；其中，S3的根据所述每个DNA序列的词嵌入编码对图结构数据进行构建，获得构建好的图结构数据，包括：S31、将每个DNA序列设定为一个节点，将每个DNA序列的词嵌入编码作为节点特征之一，构建节点特征，获得节点特征集合；S32、将每对DNA序列之间存在增强子-启动子交互作用关系设定为节点边；通过两个DNA序列之间的交互作用数量和活跃启动子数量，计算两节点之间边权重，获得节点边集合；S33、根据节点特征集合与节点边集合，构建成图结构数据；S4、利用所述构建好的图结构数据对图神经网络模型进行训练，获得训练好的图神经网络模型；S5、获取待预测DNA序列-DNA序列对；S6、将待预测DNA序列-DNA序列对输入到预先训练好的自然语言模型中，获得每个待预测DNA序列的词嵌入编码；根据每个待预测DNA序列的词嵌入编码对图结构数据进行构建，获得待预测图结构数据；S7、将所述待预测图结构数据输入所述训练好的图神经网络模型中，获得DNA序列-DNA序列中增强子-启动子交互作用识别结果；其中，S7的将所述待预测图结构数据输入所述训练好的图神经网络模型中，获得DNA序列-DNA序列中增强子-启动子交互作用识别结果，包括：S71、将待预测图结构数据输入训练好的GAT图神经网络中，获得图结构数据中每个节点的特征矩阵；S72、根据每个节点的特征矩阵，获得DNA序列-DNA序列中增强子-启动子交互作用识别结果；其中，DNA序列-DNA序列中增强子-启动子交互作用识别结果表示新的邻接矩阵。

全文数据：

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