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申请/专利权人：兰州现代职业学院
申请日：2024-04-02
公开（公告）日：2024-06-25
公开（公告）号：CN118248227A
主分类号：G16B40/00
分类号：G16B40/00;G16B50/10;G06N3/006
优先权：
专利状态码：在审-公开
法律状态：2024.06.25#公开
摘要：本发明公开了基于性别差异双种群萤火虫算法检测蛋白质复合物的方法，属于生物信息技术领域。包括以下步骤，构造加权的PPI网络；初始化种子蛋白质；利用雄性种群策略扩展核心簇，全局搜索检测核心蛋白质；利用雌性种群策略局部搜索检测确定附件蛋白质；对已有的数据集进行检测，得到蛋白质复合物的检测结果。本发明提高了检测的准确率。在雄性种群搜索策略中，重新定义了种群多样性，当多样性下降到阈值时，引入弹簧模型，使种群进入排斥阶段，避免种群陷入局部最优。雌性种群从雄性种群的检测结果中选取精英个体和优秀个体，进行有指导的邻域搜索，能够有效提高检测的精度。最后，将改进的DFAGD应用在蛋白质复合物的检测过程中，验证了其有效性。
主权项：1.基于性别差异双种群萤火虫算法检测蛋白质复合物的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1.构造加权的PPI网络；S2.初始化种子蛋白质；S3.利用雄性种群策略扩展核心簇，全局搜索检测核心蛋白质，所述雄性种群策略扩展核心簇的过程如下：对于每一只雄性萤火虫，选择其对应核心簇的邻居结点中皮尔逊相关系数PCC值最大的位置作为最优位置，若最优位置处的PCC值大于0，则萤火虫朝着最优位置移动，将该结点聚集到核心簇，否则，此萤火虫的迭代结束；重复迭代上述过程，更新萤火虫的位置，直到核心簇密度小于给定阈值，结束这一阶段的迭代；S4.利用雌性种群策略确定附件蛋白质，所述雌性种群策略确定附件蛋白质的过程如下：对每只雌性萤火虫对应的核心簇中的结点和对应的核心簇的邻居结点按照附着度的大小进行排序，选择附着度最大的结点分别作为精英个体和优秀个体；将优秀个体作为中心萤火虫的位置，若中心萤火虫的位置处附着度值大于0，则更新萤火虫位置，将其作为附件蛋白质添加到核心簇中，迭代更新中心萤火虫位置和其他萤火虫位置；若中心萤火虫位置处的附着度值小于0，则此只萤火虫的迭代结束，此萤火虫对应的簇就是一个蛋白质复合物；S5.通过步骤S1至S4对已有的数据集进行检测，得到蛋白质复合物的检测结果，使用统计评估指标评估检测出的蛋白质复合物的性能。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 兰州现代职业学院 基于性别差异双种群萤火虫算法检测蛋白质复合物的方法
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