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申请/专利权人:南京理工大学
摘要:本发明公开了一种筛选CB[7]主客体体系代表性构象的MDQMCSM方法。所述方法先分别计算主体分子和客体分子的拓扑结构和RESP电荷,采用Gaussview和Autodock分子对接对主客体复合物构建四种不同取向的初始构象,扩大搜索构象空间,之后对各初始构象进行MD模拟,通过聚类分析,筛选出优势构象,再使用QMCSM方法计算获得优势构象的复合自由能,选取最稳定的优势构象的计算值,与实验数据对比分析,确定为代表性构象。本发明能准确的筛选各CB[7]复合体系的代表性构象,获得主客体的复合自由能,计算得到的复合自由能与实验值之间有很好的线性相关性,R2=0.98,变化趋势与实验值一致。
主权项:1.筛选CB[7]主客体体系代表性构象的MDQMCSM方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤1,将主体分子CB[7]采用GAFF力场,得到CB[7]的拓扑结构和在HF6-31G*水平上计算得到RESP电荷;步骤2,将含氨基客体分子采用GAFF力场,得到客体分子的拓扑结构和在HF6-31G*水平计算得到RESP电荷;步骤3,将步骤1中经过电荷和拓扑计算后的主体分子与步骤2中经过电荷和拓扑计算后的客体分子,采用Gaussview构建两种不同取向的初始构象,并采用Autodock软件构建两种不同取向的初始构象,共构建四种不同取向的初始构象;步骤4,将四种不同取向的初始构象进行MD模拟,得到四条MD模拟轨迹,再调节阈值,对每条MD轨迹中的复合构象进行聚类分析和结构优化,从而筛选出每条轨迹复合物优势构象;同时,分别对步骤1中的主体分子和步骤2中的客体分子进行MD模拟,调节阈值,进行聚类分析和结构优化,筛选出单独主体分子和单独客体分子优势构象,用于后续单独主体分子和单独客体分子的QMCSM计算;步骤5,对步骤4得到的每条轨迹复合物优势构象进行QMCSM计算,筛选出最稳定的复合物优势构象,QMCSM计算方法具体如下:1移除主客体复合物、主体分子和客体分子的优势构象中的水分子,采用ONIOM2方法分层优化,使用B3LYP6-31Gd方法优化客体分子,使用半经验PM6方法优化CB[7],采用QMCSM方法计算真空复合自由能;2使用PCM方法计算溶剂效应,将移除水分子的优势构象在M062X6-31Gd,p基组上进行计算,获得溶剂效应;3将真空复合自由能与溶剂效应相加得到溶液中总的复合自由能;步骤6,对步骤5得到的最稳定的复合物优势构象的计算结果与实验值进行对比,将计算的复合自由能与实验值进行线性相关性分析,如果该主客体体系的相对稳定性实验结果一致,且计算值与实验值有良好的线性相关性,则最稳定复合物优势构象即为该体系准确的代表性构象;如果该主客体体系的相对稳定性与实验结果不一致,或者计算值与实验值没有良好的线性相关性,则返回进行步骤3。
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百度查询: 南京理工大学 筛选CB[7]主客体体系代表性构象的MD/QM/CSM方法
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