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申请/专利权人：劲风生物技术(天津)有限公司
摘要：本发明公开了一种可快速分析出肿瘤特异性抗原个体样本的鉴定方法，应用在肿瘤治疗及诊断技术领域，本发明通过功能注释明确核苷酸的序列并做出修改，可以得到一条包含所有突变的核苷酸序列；将包含所有突变的转录本核苷酸序列翻译成多肽序列，转录本编号从数据库中找出CDS序列，目的为可以快速形成完整的核苷酸序列，实现了分别优化对比结果，提高对比的精确度和降低后续的操作难度，并保证了检测肿瘤细胞和正常细胞的胚系突变位点对得到的胚系突变位点和体细胞突变位点进行过滤获得可信的突变，可以进行重新比对和修正，形成循环比对的功能，并得到正确的比对结果。
主权项：1.一种可快速分析出肿瘤特异性抗原个体样本的鉴定方法，其特征在于,包括以下步骤：步骤一：通过二代测序捕捉新合成的末端的标记来确定DNA的序列，从而获取肿瘤患者的正常细胞测序结果和癌变细胞测序结果，根据测序结果鉴定患者的HLA分型；步骤二：：将短读段序列比对到人类参考基因组，分别获得正常细胞的比对结果和癌变细胞的比对结果，根据RNA比对结果计算基因表达量，根据RNA比对结果进行突变检测，根据RNA比对结果预测融合基因事件；根据比对结果预测转录组HLA分型；步骤三：使用深度学习框架从短读段的比对结果中检出所有可信的突变并进行功能注释，根据突变的注释结果，罗列出所有由这些突变或突变的组合而产生的抗原肽段；步骤四：使用机器学习框架根据转录本编号从ensembl数据库中找出正常的核苷酸序列，按照突变的功能注释将核苷酸序列上相应位置的核苷酸做出修改，得到一条包含所有突变的核苷酸序列，从RNA比对结果中检测RNA样本中的突变，去掉正常组织的全外显子样本中具有的突变，剩余的突变作为RNA水平的体细胞突变；对RNA的突变进行功能注释；步骤五：根据步骤二的RNA比对结果预测转录组的融合基因事件，从中筛选出可信的融合基因后，翻译成蛋白序列，将蛋白序列按照HLA分型结合需要的长度截取成短肽；将短肽与步骤S1的RNA样本测序结果中鉴定的患者HLA分型做亲和力预测；步骤六：筛选出与患者HLA分型结合能力好的抗原肽段并从筛选出的抗原肽段中找出肿瘤抗原。
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