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申请/专利权人：费城儿童医院
申请日：2022-11-09
公开（公告）日：2024-06-18
公开（公告）号：CN118215744A
主分类号：C12Q1/6876
分类号：C12Q1/6876;C12Q1/6844;C12Q1/6853;C12P19/34
优先权：["20211110 US 63/277,894"]
专利状态码：在审-公开
法律状态：2024.06.18#公开
摘要：利用等温线性扩增测序的转录物富集和定量TEQUILA‑seq是利用等温线性扩增捕获寡核苷酸进行靶向测序的通用、易于实施且高度成本有效的方法。与标准商业解决方案相比，TEQUILA‑seq将靶向捕获的每个反应的成本降低了2至3个数量级。当在Oxford纳米孔平台上进行具有不同规模的多个基因组合的长读RNA‑seq时，TEQUILA‑seq一致且显著地富集了转录物覆盖，同时保持了转录物定量。对代表不同固有亚型的40种乳腺癌细胞系中468种可操作actionable癌症基因的全长转录物同种型进行的谱分析鉴定了在特定亚型中富集的转录物同种型，并发现了广泛研究的癌症基因例如TP53中的新的转录物同种型。在癌症基因中，肿瘤抑制基因也针对被靶向以通过mRNA无义介导的衰变来降解的异常转录物同种型进行了显著富集，显示了用于基因失活的共有RNA相关机制。TEQUILA‑seq可广泛用于多种生物医学研究环境中的DNA和RNA靶向测序。
主权项：1.制备生物素化寡核苷酸探针组的方法，所述方法包括：a获得寡核苷酸的集合，每种寡核苷酸在其5’末端包含靶基因结合序列并且在其3’末端包含引物结合序列，其中每种寡核苷酸具有相同的引物结合序列，并且其中所述引物结合序列的5’末端包含切口酶靶序列；b将所述寡核苷酸的集合与同所述引物结合序列杂交的引物以及与生物素化dNTP例如，生物素-dUTP在允许使用所述寡核苷酸作为模板来使所述引物延伸的条件下孵育，从而产生与所述寡核苷酸互补的延伸引物，其中所述延伸引物各自从5’至3’包含所述引物、所述切口酶靶序列和生物素化探针；c用能够在切口酶靶序列处切割所述延伸引物的切口酶对所述与寡核苷酸互补的延伸引物进行切口，以分离所述生物素化探针并再生所述引物的3’末端；d使用所述寡核苷酸作为模板使再生的引物3’末端延伸以置换并释放所述生物素化探针；以及e重复步骤c和d。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 费城儿童医院 利用等温线性扩增探针的靶标富集和定量
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