申请/专利权人:武汉双绿源创芯科技研究院有限公司;青岛双绿源依诺科技有限公司
申请日:2022-12-20
公开(公告)日:2024-06-21
公开(公告)号:CN118222743A
主分类号:C12Q1/6895
分类号:C12Q1/6895;C12N15/11
优先权:
专利状态码:在审-公开
法律状态:2024.06.21#公开
摘要:本发明公开了与水稻分蘖调控基因OsTb2紧密连锁的分子标记,基于2058个水稻品种中8584244个SNP位点信息,获得水稻分蘖调控基因OsTb2功能SNP位点上下游各250Kb区域内的共计11264个SNP的基因型信息,通过连锁不平衡分析,筛选出1组与水稻分蘖调控基因OsTb2紧密连锁的单倍型标记,这组单倍型分子标记可用于水稻分蘖调控基因OsTb2的功能鉴定,有效避免了因少数标记检测失败而导致的鉴定精准性问题,以及由于基因附近发生重组而导致的基因功能丧失的问题,提高功能基因鉴定的精准性。
主权项:1.单倍型分子标记在鉴定水稻分蘖调控基因OsTb2中的应用,其特征在于,所述单倍型分子标记由62个SNP位点组成,SNP位点信息如下:SNP1所在基因组位置为Chr9:14481575bp;SNP2所在基因组位置为Chr9:14487709bp;SNP3所在基因组位置为Chr9:14488011bp;SNP4所在基因组位置为Chr9:14488230bp;SNP5所在基因组位置为Chr9:14490617bp;SNP6所在基因组位置为Chr9:14490835bp;SNP7所在基因组位置为Chr9:14491161bp;SNP8所在基因组位置为Chr9:14514745bp;SNP9所在基因组位置为Chr9:14515485bp;SNP10所在基因组位置为Chr9:14515874bp;SNP11所在基因组位置为Chr9:14517022bp;SNP12所在基因组位置为Chr9:14517560bp;SNP13所在基因组位置为Chr9:14517612bp;SNP14所在基因组位置为Chr9:14518199bp;SNP15所在基因组位置为Chr9:14518293bp;SNP16所在基因组位置为Chr9:14518687bp;SNP17所在基因组位置为Chr9:14519022bp;SNP18所在基因组位置为Chr9:14519774bp;SNP19所在基因组位置为Chr9:14520122bp;SNP20所在基因组位置为Chr9:14523482bp;SNP21所在基因组位置为Chr9:14524589bp;SNP22所在基因组位置为Chr9:14525561bp;SNP23所在基因组位置为Chr9:14525587bp;SNP24所在基因组位置为Chr9:14526108bp;SNP25所在基因组位置为Chr9:14527683bp;SNP26所在基因组位置为Chr9:14528009bp;SNP27所在基因组位置为Chr9:14528061bp;SNP28所在基因组位置为Chr9:14528827bp;SNP29所在基因组位置为Chr9:14529410bp;SNP30所在基因组位置为Chr9:14529524bp;SNP31所在基因组位置为Chr9:14529894bp;SNP32所在基因组位置为Chr9:14529928bp;SNP33所在基因组位置为Chr9:14530057bp;SNP34所在基因组位置为Chr9:14530260bp;SNP35所在基因组位置为Chr9:14530455bp;SNP36所在基因组位置为Chr9:14535995bp;SNP37所在基因组位置为Chr9:14538751bp;SNP38所在基因组位置为Chr9:14544376bp;SNP39所在基因组位置为Chr9:14548252bp;SNP40所在基因组位置为Chr9:14548476bp;SNP41所在基因组位置为Chr9:14548792bp;SNP42所在基因组位置为Chr9:14548866bp;SNP43所在基因组位置为Chr9:14548962bp;SNP44所在基因组位置为Chr9:14548982bp;SNP45所在基因组位置为Chr9:14549698bp;SNP46所在基因组位置为Chr9:14552577bp;SNP47所在基因组位置为Chr9:14553176bp;SNP48所在基因组位置为Chr9:14554216bp;SNP49所在基因组位置为Chr9:14554872bp;SNP50所在基因组位置为Chr9:14555483bp;SNP51所在基因组位置为Chr9:14555485bp;SNP52所在基因组位置为Chr9:14557458bp;SNP53所在基因组位置为Chr9:14558745bp;SNP54所在基因组位置为Chr9:14559917bp;SNP55所在基因组位置为Chr9:14560850bp;SNP56所在基因组位置为Chr9:14561205bp;SNP57所在基因组位置为Chr9:14561368bp;SNP58所在基因组位置为Chr9:14562482bp;SNP59所在基因组位置为Chr9:14562483bp;SNP60所在基因组位置为Chr9:14562797bp;SNP61所在基因组位置为Chr9:14563090bp;SNP62所在基因组位置为Chr9:14565153bp;以上SNP标记基于位置由小到大依次组成的单倍型为TTGAGGTCGAGGGCAGAAATAATTATTATAATTCTCCATAAAATAAAATACCCTAAATTCAT,则水稻分蘖调控基因OsTb2的功能基因位点的基因型为C,SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定。
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