申请/专利权人：武汉双绿源创芯科技研究院有限公司;青岛双绿源依诺科技有限公司

申请日：2022-12-20

公开（公告）日：2024-06-21

公开（公告）号：CN118222743A

主分类号：C12Q1/6895

分类号：C12Q1/6895;C12N15/11

优先权：

专利状态码：在审-公开

法律状态：2024.06.21#公开

摘要：本发明公开了与水稻分蘖调控基因OsTb2紧密连锁的分子标记，基于2058个水稻品种中8584244个SNP位点信息，获得水稻分蘖调控基因OsTb2功能SNP位点上下游各250Kb区域内的共计11264个SNP的基因型信息，通过连锁不平衡分析，筛选出1组与水稻分蘖调控基因OsTb2紧密连锁的单倍型标记，这组单倍型分子标记可用于水稻分蘖调控基因OsTb2的功能鉴定，有效避免了因少数标记检测失败而导致的鉴定精准性问题，以及由于基因附近发生重组而导致的基因功能丧失的问题，提高功能基因鉴定的精准性。

主权项：1.单倍型分子标记在鉴定水稻分蘖调控基因OsTb2中的应用，其特征在于，所述单倍型分子标记由62个SNP位点组成，SNP位点信息如下：SNP1所在基因组位置为Chr9：14481575bp；SNP2所在基因组位置为Chr9：14487709bp；SNP3所在基因组位置为Chr9：14488011bp；SNP4所在基因组位置为Chr9：14488230bp；SNP5所在基因组位置为Chr9：14490617bp；SNP6所在基因组位置为Chr9：14490835bp；SNP7所在基因组位置为Chr9：14491161bp；SNP8所在基因组位置为Chr9：14514745bp；SNP9所在基因组位置为Chr9：14515485bp；SNP10所在基因组位置为Chr9：14515874bp；SNP11所在基因组位置为Chr9：14517022bp；SNP12所在基因组位置为Chr9：14517560bp；SNP13所在基因组位置为Chr9：14517612bp；SNP14所在基因组位置为Chr9：14518199bp；SNP15所在基因组位置为Chr9：14518293bp；SNP16所在基因组位置为Chr9：14518687bp；SNP17所在基因组位置为Chr9：14519022bp；SNP18所在基因组位置为Chr9：14519774bp；SNP19所在基因组位置为Chr9：14520122bp；SNP20所在基因组位置为Chr9：14523482bp；SNP21所在基因组位置为Chr9：14524589bp；SNP22所在基因组位置为Chr9：14525561bp；SNP23所在基因组位置为Chr9：14525587bp；SNP24所在基因组位置为Chr9：14526108bp；SNP25所在基因组位置为Chr9：14527683bp；SNP26所在基因组位置为Chr9：14528009bp；SNP27所在基因组位置为Chr9：14528061bp；SNP28所在基因组位置为Chr9：14528827bp；SNP29所在基因组位置为Chr9：14529410bp；SNP30所在基因组位置为Chr9：14529524bp；SNP31所在基因组位置为Chr9：14529894bp；SNP32所在基因组位置为Chr9：14529928bp；SNP33所在基因组位置为Chr9：14530057bp；SNP34所在基因组位置为Chr9：14530260bp；SNP35所在基因组位置为Chr9：14530455bp；SNP36所在基因组位置为Chr9：14535995bp；SNP37所在基因组位置为Chr9：14538751bp；SNP38所在基因组位置为Chr9：14544376bp；SNP39所在基因组位置为Chr9：14548252bp；SNP40所在基因组位置为Chr9：14548476bp；SNP41所在基因组位置为Chr9：14548792bp；SNP42所在基因组位置为Chr9：14548866bp；SNP43所在基因组位置为Chr9：14548962bp；SNP44所在基因组位置为Chr9：14548982bp；SNP45所在基因组位置为Chr9：14549698bp；SNP46所在基因组位置为Chr9：14552577bp；SNP47所在基因组位置为Chr9：14553176bp；SNP48所在基因组位置为Chr9：14554216bp；SNP49所在基因组位置为Chr9：14554872bp；SNP50所在基因组位置为Chr9：14555483bp；SNP51所在基因组位置为Chr9：14555485bp；SNP52所在基因组位置为Chr9：14557458bp；SNP53所在基因组位置为Chr9：14558745bp；SNP54所在基因组位置为Chr9：14559917bp；SNP55所在基因组位置为Chr9：14560850bp；SNP56所在基因组位置为Chr9：14561205bp；SNP57所在基因组位置为Chr9：14561368bp；SNP58所在基因组位置为Chr9：14562482bp；SNP59所在基因组位置为Chr9：14562483bp；SNP60所在基因组位置为Chr9：14562797bp；SNP61所在基因组位置为Chr9：14563090bp；SNP62所在基因组位置为Chr9：14565153bp；以上SNP标记基于位置由小到大依次组成的单倍型为TTGAGGTCGAGGGCAGAAATAATTATTATAATTCTCCATAAAATAAAATACCCTAAATTCAT，则水稻分蘖调控基因OsTb2的功能基因位点的基因型为C，SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定。

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