申请/专利权人：洛兮医疗科技(河北)有限公司

申请日：2023-11-30

公开（公告）日：2024-06-21

公开（公告）号：CN117690483B

主分类号：G16B20/30

分类号：G16B20/30;G16H70/40

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.06.21#授权;2024.03.29#实质审查的生效;2024.03.12#公开

摘要：本发明属于宏基因组测序分析技术领域，提供了一种基于病原宏基因二代测序的耐药基因检测方法。本发明不依赖于细菌的培养，与传统方法相比具有更高的敏感性和特异性；并且与现有病原宏基因组的耐药基因分析相比，本发明提供了一个更全面且无冗余的耐药基因比对数据库，在保证耐药基因全面准确的基础，又不会增加分析资源与成本的消耗；另外，在去除人源宿主序列中，本发明新增了专门针对中国人种的炎黄一号基因组序列和人类基因组序列无间隙版本，这使得人源序列去除的更加彻底，减少了人源序列对耐药基因分析的影响。除此之外，本发明还提供了一个耐药基因注释数据库，增加了耐药基因结果可读性，有助于实现临床细菌耐药情况的快速诊断。

主权项：1.一种基于宏基因组二代测序的细菌耐药基因检测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤S1：联合card、resfinder、argannot以及ncbibetalactamase四个耐药基因数据库，过滤、筛选、重建细菌耐药基因数据库，具体包括细菌耐药基因比对数据库和细菌耐药基因注释数据库；步骤S11：构建耐药基因比对数据库：1下载耐药基因参考序列：从card、resfinder、argannot以及ncbibetalactamase四个耐药基因数据库下载耐药基因列表及其对应序列；2统一命名耐药基因：序列下载完成后，将耐药基因名称中字母大小写、括号、bla前缀的格式问题进行规范统一；3过滤处理耐药基因序列：过滤掉命名模糊不清，耐药基因长度小于100bp的序列，去除低复杂度序列以及污染序列；4相同耐药基因的筛选：a.同一耐药基因在两个及以上耐药数据库中同时出现且序列相同，保留其一；b.同一耐药基因在两个及以上耐药数据库中同时出现但序列不同，保留出现次数在两次及以上的序列；c.同一耐药基因在多个数据库中同时出现但是序列彼此之间均不相同，根据数据库优先级cardresfinderargannotncbibetalactamase排序，保留数据库最高优先级中的耐药基因序列；步骤S12：构建细菌耐药基因注释数据库：1数据下载：从card、resfinder、argannot以及ncbibetalactamase四个耐药基因数据库中下载注释信息；从NCBI数据库中下载DNAAccession所对应的物种信息；2相同耐药基因注释信息的筛选：按照cardresfinderargannotncbibetalactamase数据库排序顺序保留最高优先级数据库中的耐药基因注释信息；3注释信息的汇总和整理：去除不同数据库之间的冗余信息，过滤低质量的记录信息；步骤S2：对病原宏基因组样本进行测序，并对测序数据样本进行标签识别；待测序结束后对数据样本进行序列拆分，即得到病原宏基因组原始测序数据；步骤S3：对步骤S2中病原宏基因组原始测序数据进行质量控制；步骤S4：构建人源序列数据库，将步骤S3中质控后的数据与人源序列数据库进行比对，并过滤人源宿主序列，即得非人源序列；步骤S5：将步骤S4所述非人源序列组装成contigs；步骤S6：将步骤S5所述contigs序列与步骤S1构建的耐药基因比对数据库进行比对；步骤S7：筛选耐药基因；步骤S8：对耐药基因耐药机制、所属耐药类别和物种来源的信息进行注释；其中，步骤S4中所述人源序列数据库是由人类参考基因组-hg19、人转录组数据、炎黄一号基因组和人类基因组序列无间隙版本-T2T-CHM13共同组成。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 洛兮医疗科技(河北)有限公司 一种基于病原宏基因二代测序的耐药基因检测方法

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