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申请/专利权人：中国药科大学
申请日：2024-04-17
公开（公告）日：2024-06-21
公开（公告）号：CN118230853A
主分类号：G16C20/50
分类号：G16C20/50;G16B15/30;G16C20/70;G06N3/0455;G06N3/047;G06N3/084
优先权：
专利状态码：在审-公开
法律状态：2024.06.21#公开
摘要：本发明公开了一种基于条件扩散模型生成小分子化合物的方法和装置，包括：获取需要进行小分子化合物生成的蛋白质结合口袋的三维结构信息；提取蛋白质结合口袋的位置特征以及原子特征；将蛋白质结合口袋的三维结构信息表示为图结构；确定生成的小分子化合物的物理化学性质信息；将图结构和小分子化合物的物理化学性质特征表示作为生成条件，输入至预训练的条件扩散模型中，指导预训练的条件扩散模型进行小分子化合物的生成，得到生成的小分子化合物三维点云；将生成的小分子化合物三维点云转化输出为sdf格式，并进行合格性检查，保留通过合格性检查的小分子化合物的最大片段，确定出最终生成的小分子化合物。
主权项：1.一种基于条件扩散模型生成小分子化合物的方法，其特征在于：包括以下步骤：步骤1：获取需要进行小分子化合物生成的蛋白质结合口袋的三维结构信息；所述蛋白质结合口袋的三维结构信息包括原子类型、原子的XYZ三维直角坐标和原子数量；步骤2：对蛋白质结合口袋的三维结构信息进行特征提取，得到蛋白质结合口袋的位置特征以及原子特征；基于蛋白质结合口袋的位置特征以及原子特征，将蛋白质结合口袋的三维结构信息表示为图结构，在该图结构中，节点为蛋白质结合口袋的所有原子，节点特征为蛋白质结合口袋的位置特征以及原子特征，边特征为相应两两节点之间的欧氏距离；步骤3：确定生成的小分子化合物的物理化学性质信息，将其离散化表示，得到小分子化合物的物理化学性质特征；步骤4：将步骤2得到的图结构和步骤3得到的小分子化合物的物理化学性质特征表示作为条件信息，输入至预训练的条件扩散模型中，指导预训练的条件扩散模型进行小分子化合物的生成，得到生成的小分子化合物三维点云；步骤5：将生成的小分子化合物三维点云转化输出为sdf格式，并进行合格性检查，保留通过合格性检查的小分子化合物的最大片段，确定出最终生成的小分子化合物。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 中国药科大学 一种基于条件扩散模型生成小分子化合物的方法和装置
免责声明
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