申请/专利权人:之江实验室;华中科技大学
申请日:2024-04-19
公开(公告)日:2024-06-21
公开(公告)号:CN118230836A
主分类号:G16C10/00
分类号:G16C10/00
优先权:
专利状态码:在审-公开
法律状态:2024.06.21#公开
摘要:本发明公开了一种基于图计算的分子动力学模拟方法和装置,方法包括以下步骤:基于分子动力学模拟的数据文件进行构图,定义图的节点和边用于表示需要计算作用力的原子对;面向具体力的计算需求,将构造的图划分成不同的区块,用于以区块为单位的原子间受力并行计算;基于图计算框架遍历各区块的计算任务,根据分子动力学计算公式计算原子对受力后进而计算合力;依据计算结果更新图的节点和边,并更新区块的划分边界;重复执行上述计算和更新步骤直至达成指定步数或者指定条件,完成分子动力学模拟计算过程。本发明平衡了节点计算的任务划分和降低了不同计算节点间的通信开销,能够实现更为高效的分子动力学模拟计算。
主权项:1.一种基于图计算的分子动力学模拟方法,其特征在于,包括以下步骤:解析分子动力学模拟的数据文件,并依据其模拟体系参数进行构图,定义图的节点和边用于表示需要计算作用力的原子对;面向具体力的计算需求,将构造的图划分成不同的区块,用于以区块为单位的原子间受力并行计算;基于图计算框架遍历各区块的计算任务,根据分子动力学计算公式计算原子对受力后进而计算合力;依据计算结果更新图的节点和边,并更新区块的划分边界;重复执行上述计算和更新步骤直至达成指定步数或者满足指定条件,完成分子动力学模拟计算过程。
全文数据:
权利要求:
百度查询: 之江实验室;华中科技大学 一种基于图计算的分子动力学模拟方法和装置
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