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申请/专利权人：中科金辰生物科技(合肥)有限公司
摘要：本发明公开了一种一管同时检测肿瘤特异性基因突变和甲基化检测方法、组合及其应用。该方法包括，搜索数据库选择癌症驱动基因和抑癌基因的突变及甲基化位点，合成与靶点区间相应配对的捕获探针，用包括肿瘤特异性基因突变和甲基化捕获探针的探针组对限制性内切酶处理样本的扩增产物进行杂交捕获，构建含有目标区域的高通量测序文库，进行高通量测序获取目的片段的序列，从而获得癌症相关基因甲基化、点突变和插入缺失变异的结果。本发明能够一次性一管同时检测癌症相关基因的突变及甲基化状态，对待检测基因含量要求低，可以用于肿瘤特异性DNA的甲基化和突变检测，且检测成本低、效率高。
主权项：1.一种一管同时检测肿瘤特异性基因突变和甲基化的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1选择肿瘤特异性突变基因和肿瘤特异性甲基化基因，选择肿瘤特异性突变基因的突变位点和肿瘤特异性甲基化基因的甲基化位点，肿瘤特异性突变基因的突变位点和肿瘤特异性甲基化基因的甲基化位点及其上下游延长30-100bp的区域作为肿瘤特异性突变基因靶区间和肿瘤特异性甲基化基因靶区间；2合成靶区间相应配对的捕获探针，所述捕获探针由与同一区间相邻捕获探针互补配对的探针结合序列以及与肿瘤特异性突变基因靶区间或肿瘤特异性甲基化基因靶区间互补配对的靶特异性序列组成；3从待测样品中提取游离DNA或基因组DNA，混入外源性DNA、末端补平修复、加“A”及连接，纯化后获得样本的样本连接产物；4使用甲基化敏感的限制性内切酶处理样本的连接产物，经PCR扩增将DNA片段连上index接头，纯化后得到样本DNA甲基化和突变预文库；5利用捕获探针对步骤4中进行DNA甲基化和突变预文库进行杂交，捕获目标区域的甲基化和突变DNA序列；6对捕获目标区域的DNA序列进行PCR扩增，获得扩增产物；7对步骤6中扩增产物进行纯化，出库质检，获得目标区域的甲基化和突变文库；8对步骤7中构建的目标区域的甲基化和突变文库进行高通量测序获取目的片段的序列；9对获取的目的片段的序列信息与正常的基因序列进行比对分析，得到目的片段的突变和甲基化信息；所述方法用于非诊断用途。
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