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申请/专利权人：宜宾五粮液股份有限公司
申请日：2023-07-25
公开（公告）日：2023-12-05
公开（公告）号：CN117174181A
主分类号：G16B50/00
分类号：G16B50/00;G16B45/00;G16B40/00;G16B50/10;G16B30/00
优先权：
专利状态码：在审-实质审查的生效
法律状态：2023.12.22#实质审查的生效;2023.12.05#公开
摘要：本发明属于生物信息技术领域，具体涉及拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法。目前拉梅尔芽孢杆菌泛基因组还未见分析和报道，本发明提供拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法，包括以下步骤：获取拉梅尔芽孢杆菌的蛋白质编码序列，进行泛基因组分析与计算；提取待分析的共有保守蛋白的基因序列，选取最大似然法构建系统发育树，分析不同菌株之间的遗传进化关系；将待分析的基因组序列两两组合选择，进行ANI值计算，根据ANI值衡量菌株之间相似度，从而验证系统发育树的可靠性。本发明方法具有通用性高、易用性强的优点，整个方法简单，可靠，准确度高，易于理解和使用，操作方便，并且能够提供更全面、更深入的信息。
主权项：1.拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法，其特征在于：包括以下步骤：1数据获取：从公开基因组数据库中收集获取拉梅尔芽孢杆菌的蛋白质编码基因序列数据；2数据分析和计算：将步骤1中的数据进行泛基因组分析与计算，绘制拉梅尔芽孢杆菌属基因组的稀释曲线，分析开闭合趋势；3提取基因组共有保守蛋白的基因序列，分析菌株间的遗传进化关系：提取拉梅尔芽孢杆菌属基因组共有保守蛋白的基因序列，将基因序列用最大似然法构建系统发育树，分析不同菌株之间的遗传进化关系；4验证系统发育树可靠性：将拉梅尔芽孢杆菌属基因组序列两两组合选择，进行ANI值计算，根据ANI值衡量菌株之间相似度，验证系统发育树的可靠性。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 宜宾五粮液股份有限公司 拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法
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