申请/专利权人：杭州博圣医学检验实验室有限公司;浙江大学滨江研究院

申请日：2024-01-17

公开（公告）日：2024-05-14

公开（公告）号：CN118038968A

主分类号：G16B20/10

分类号：G16B20/10;G16B20/30

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.31#实质审查的生效;2024.05.14#公开

摘要：本发明涉及生物医疗变异检测技术领域，公开了一种基于二代测序数据计算SMN1和SMN2基因拷贝数的分析方法，屏蔽参考基因组SMN2基因序列，找到对照样本，将去除偏离值后的均一化后的测序深度的中位数作为最终的对照值，推测出在SMN1上每个捕获区域的SMN1+SMN2总拷贝数，得到SMN1和SMN2在第7和第8号外显子上的拷贝数，对SMN1和SMN2每个捕获区域的拷贝数整体偏离值做校正，得到校正后的拷贝数。本发明可以消除因为SMN1和SMN2捕获不均一而出现AD有偏倚的情况，兼容各种探针捕获测序样本和各种测序平台，也可对全基因组测序数据做分析，兼容单样本以及各种数量级样本量的SMN1和SMN2各捕获区域拷贝数计算。

主权项：1.一种基于二代测序数据计算SMN1和SMN2基因拷贝数的分析方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、屏蔽参考基因hg19上SMN2基因区域chr5:69345349-69373422的序列，并将屏蔽SMN2基因序列的参考基因组建立比对软件索引；S2、提取SMN1基因和SMN2基因的全部序列，并采用局部比对算法工具将SMN1基因与SMN2基因差异的5个碱基分别标记为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5；S3、将一个批次内的NGS原始测序数据比对到步骤S1屏蔽过SMN2序列的参考基因组，排序、标记重复序列后，对捕获测序的每个捕获区域计算测序深度，若是WGS测序数据，选取所有基因的MANE转录本作为虚拟捕获区域计算虚拟捕获须臾的测序深度，并利用常染色体的所有捕获区域的总测序深度的和对每个捕获区域测序深度做均一化，得到每个捕获区域均一化后的测序深度；S4、对性染色体上每个捕获区域均一化后的测序深度做层级聚类，并将X染色体上每个区域均一化后的测序深度的和较小的一组标记为男性，其余则为女性样本；S5、将每个样本与对照样本在每个捕获区域均一化后的测序深度的中位数的比值取为log2，记为log2ratio，并利用CBS法对同一染色体上连续的log2ratio做片段化处理，得到连续的CNV片段的log2ratio；S6、反推每个区域计算出的log2ratio的拷贝数；S7、根据步骤S3得到的每个样本的比对后的文件，分别计算SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5五个位点的VAF值，并根据五个差异点的位置分布以SNP1和SNP2的VAF的较大值作为SMN1Exon7的VAF，以SNP3、SNP4和SNP5的最大值作为SMN1Exon8的VAF；S8、将SMN1+SMN2的总拷贝数和VAF相结合，分别计算SMN1和SMN2各自的拷贝数；S9、计算拷贝数2与SMN1的拷贝数的平均值的差值得到校正值Delta，分别将所有SMN1和SMN2的外显子的拷贝数减去校正值Delta，得到最终的SMN1和SMN2所有捕获区域校正后的拷贝数；S10、根据SMN1Exon7上的SNP2的VAF、其余SNP的VAF结合SMN1+SMN2的总拷贝数，分析SMN1到SMN2基因型的转换情况；S11、根据SMN1的拷贝数和SMN2的拷贝数，基于每个样本的比对后文件，对此区域callSNV，检测是否存在点突变的情况。

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