申请/专利权人：纳昂达(南京)生物科技有限公司

申请日：2024-03-06

公开（公告）日：2024-06-07

公开（公告）号：CN117821575B

主分类号：C12Q1/6869

分类号：C12Q1/6869;C12Q1/6886

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.06.07#授权;2024.04.23#实质审查的生效;2024.04.05#公开

摘要：本发明提供了一种DNA甲基化水平的检测方法及应用。其中，上述检测方法包括：在样本DNA的末端连接接头，获得接头连接DNA；将接头连接DNA平均分为接头连接DNA1和接头连接DNA2，利用甲基化敏感限制性内切酶对接头连接DNA1进行酶切，获得甲基化酶切片段；分别对甲基化酶切片段和接头连接DNA2进行PCR扩增，相应地获得甲基化酶切‑扩增文库和阴性对照‑扩增文库；分别对其中的目标片段进行捕获获得捕获阳性文库和捕获阴性文库；对捕获阳性文库和捕获阴性文库分别进行测序分析获得DNA甲基化水平。能够解决现有技术中的难以准确检测大量潜在DNA甲基化位点的甲基化水平的问题，适用于DNA甲基化检测领域。

主权项：1.一种非诊断目的的DNA甲基化水平的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括：a）在样本DNA的末端连接接头，获得接头连接DNA；b）将所述接头连接DNA平均分为接头连接DNA1和接头连接DNA2，利用甲基化敏感限制性内切酶对所述接头连接DNA1进行酶切，获得甲基化酶切片段；c）分别对所述甲基化酶切片段和所述接头连接DNA2进行PCR扩增，相应地获得甲基化酶切-扩增文库和阴性对照-扩增文库；d）分别对所述甲基化酶切-扩增文库和所述阴性对照-扩增文库中的目标片段进行捕获，分别获得捕获阳性文库和捕获阴性文库；e）对所述捕获阳性文库和所述捕获阴性文库分别进行PCR扩增和上机测序，分析测序结果获得所述样本DNA的DNA甲基化水平；所述目标片段包括甲基化水平检测区域和均一化区域；所述甲基化水平检测区域为所述样本DNA中含有能够被所述甲基化敏感限制性内切酶酶切的位置的DNA片段；所述均一化区域为所述样本DNA中不含有能够被所述甲基化敏感限制性内切酶酶切的位置的DNA片段；所述检测方法中的e）中的所述分析测序结果包括：e1）从所述测序结果中获得所述捕获阳性文库中每个MSRE位点的平均测序深度κMSRE；从所述测序结果中获得所述捕获阳性文库中每个所述均一化区域的平均测序深度ζMSRE，计算所有所述均一化区域的测序深度平均值；计算每个所述MSRE位点的相对深度；e2）从所述测序结果中获得所述捕获阴性文库中每个所述MSRE位点的平均测序深度κCK；从所述测序结果中获得所述捕获阳性文库中每个所述均一化区域的平均测序深度ζCK，计算所有所述均一化区域的测序深度平均值；计算每个所述MSRE位点的相对深度；e3）计算每个所述MSRE位点的甲基化水平。

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