申请/专利权人：北京林业大学

申请日：2023-08-29

公开（公告）日：2024-06-14

公开（公告）号：CN117133354B

主分类号：G16B20/20

分类号：G16B20/20;C12Q1/6895;G16B20/30;G16B50/10

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.06.14#授权;2023.12.15#实质审查的生效;2023.11.28#公开

摘要：本发明提供了一种高效鉴定林木关键育种基因模块的方法，涉及分子遗传学技术领域。本发明所述方法，可精准、高效地鉴定林木重要性状的关键育种基因模块，系统评价育种模块内各个基因型组合对表型变异的遗传效应，以此确定最优的关键育种基因模块的基因型组合，广泛应用于林木重要性状苗期精准选育以及林木分子遗传改良进程。

主权项：1.一种高效鉴定林木关键育种基因模块的方法，包括以下步骤：1将待测林木种质资源群体每一个体全基因组单核苷酸多态性基因型数据与待测林木特定性状在种质资源群体中每一个体的表型值开展全基因组关联分析，确定与特性性状显著关联的SNP位点；所述确定的条件包括：基因组中SNP基因型位点与表型性状显著关联，达到生物统计学中的显著性水平；2对所述步骤1中与特定性状显著关联的SNP位点所在的转录模块进行功能注释，并定义为候选基因；3测定所述步骤2中候选基因在待测林木种质资源群体每一个体中的表达量数据；4检测所述步骤3中候选基因的群体表达量与所述步骤1中特定性状的群体表型值间的皮尔森相关性系数r，检测候选基因与特定性状之间的“表达与表型”相关性，确定与特定性状表型变异具有高度相关表达模式的候选基因，定义为关键基因，表明所述关键基因的表达水平在很大程度上影响特定性状的表型变异；所述确定的条件包括：皮尔森相关性系数r0.4或r-0.4；5以所述步骤4中关键基因内显著关联的SNP基因型数据为基础，结合步骤1中的特定性状种质资源群体表型值，检测关键基因内SNP位点间影响表型变异的上位性互作效应，确定影响特定表型性状的关键育种基因模块，评价关键育种基因模块内各个基因型组合对表型变异的遗传效应，鉴定关键育种基因模块内最优基因型组合；仅当具有显著上位性互作关系的SNP，其所对应的关键基因可被纳入关键育种基因模块；评价关键育种基因模块内各个基因型组合的表型遗传效应时，各个基因型组合的频率需大于种质资源群体的10％；所述确定的条件包括：影响特定表型变异的上位性互作组合关系需满足生物统计学中的显著性水平；所述步骤1、2、5中SNP基因型频率需大于10％。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 北京林业大学 一种高效鉴定林木关键育种基因模块的方法

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