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申请/专利权人：加利福尼亚大学董事会

摘要：本文提供了与治疗或预防癫痫发作相关的方法和组合物。在一些方面，本文提供了通过向受试者施用包含副拟杆菌属和艾克曼菌属细菌的组合物来治疗或预防所述受试者的癫痫发作的方法。

主权项：1.至少10重量％的物种嗜粘蛋白艾克曼菌Akkermansiamuciniphila的活体细菌和至少10重量％的物种粪副拟杆菌Parabacteroidesmerdae的活体细菌在制造用于癫痫发作的治疗的药物中的应用。

全文数据：用于抑制癫痫发作的组合物和方法相关申请本申请要求2016年12月20日提交的美国临时专利申请序列号62436,711和2017年1月19日提交的美国临时专利申请序列号62447,992的优先权权益，所述美国临时专利申请各自以引用的方式整体并入本文。政府资助本发明根据由国立卫生研究院授予的拨款号GM065823和拨款号GM106996在政府资助下完成。政府享有本发明的某些权利。背景技术癫痫的特征在于复发性癫痫发作，其可导致意识丧失、知觉丧失和或运动、自主功能、感觉包括视觉、听觉和味觉、情绪和或精神功能的障碍。癫痫折磨发达国家1-2％的人口。低碳水化合物高脂肪生酮膳食KD是一种针对其中超过三分之一的癫痫个体不对现有抗惊厥药物起响应的难治性癫痫的治疗。KD的功效由多个回顾性和前瞻性研究所支持，所述研究估计约30％的患者变为无癫痫发作，并且约60％的患者经受显著益处。然而，尽管KD具有治疗癫痫的价值以及它正日益增加应用于包括自闭症、阿尔茨海默氏病Alzheimer'sdisease、帕金森氏病Parkinson'sdisease、代谢综合征和癌症的其它病症，但由于难以实施、膳食顺应性和不利副作用，所以对它的使用仍然是低下的。实际上，即使成功减轻癫痫发作，截至膳食性疗法的第三年，估计仅12％癫痫患者保持采用KD。此外，对KD的有益作用的潜在机理的了解不充分，并且缺乏用于干预的分子和或细胞靶标。膳食在药物失败时的情况下成功控制各种类型的症状表明它使不由现有药物靶向的内源性神经保护路径增强。发明内容本文提供了用于通过向受试者施用益生菌组合物来模拟生酮膳食的作用的方法和组合物。在某些实施方案中，方法和组合物用于治疗或预防受试者例如患有诸如自闭症谱系障碍、雷特综合征Rettsyndrome、X染色体脆折fragileX、注意力缺陷障碍ADD、注意力缺陷活动过度障碍ADHD、难治性癫痫和或非难治性癫痫之类的神经发育病症的受试者的癫痫发作。在其它实施方案中，方法和组合物用于预防或治疗受试者的疾患例如癫痫、癫痫发作、自闭症谱系障碍、阿尔茨海默氏病、亨廷顿氏病Huntington'sdisease、帕金森氏病、肌萎缩性侧索硬化ALS、癌症、中风、代谢疾病例如糖尿病或肥胖症、线粒体病症、抑郁症、偏头痛例如慢性偏头痛、雷特综合征、注意力缺陷障碍、脆性X染色体综合征或创伤性脑损伤TBI。优选地，方法包括向受试者施用一种包含艾克曼菌属Akkermansia，Akk和副拟杆菌属Parabacteroides，Pb的细菌的组合物或多种合起来包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。在一些实施方案中，组合物包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌。在一些实施方案中，艾克曼菌属Akk的细菌包括嗜粘蛋白艾克曼菌Akkermansiamuciniphila。在一些实施方案中，副拟杆菌属Pb的细菌包括粪副拟杆菌Parabacteroidesmerdae和或迪氏副拟杆菌Parabacteroidesdistasonis。在一些方面，方法包括使受试者的肠道微生群消减，以及向受试者施用包含艾克曼菌属的细菌例如嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属的细菌例如粪副拟杆菌或迪氏副拟杆菌的组合物。在一些实施方案中，组合物中至少10％、至少30％、至少50％、至少70％或至少90％的细菌是艾克曼菌属Akk细菌。在一些实施方案中，组合物中至少10％、至少30％、至少50％、至少70％或至少90％的细菌是副拟杆菌属Pb细菌。在一些实施方案中，受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食可为对照膳食、生酮膳食、高脂肪膳食或低碳水化合物膳食。组合物可被配制用于经口或经直肠递送。组合物可为食物产品。在一些实施方案中，食物产品是乳制品例如酸奶。在一些实施方案中，组合物包含益生菌。在一些实施方案中，组合物是自我施用的。在一些实施方案中，组合物包含粪便样品例如来自粪便库的粪便样品，所述粪便样品包含艾克曼菌属的细菌例如嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属Pb的细菌例如粪副拟杆菌或迪氏副拟杆菌。在一些实施方案中，对受试者给与抗生素以使受试者的肠道微生群消减。附图说明图1具有六个部分A-F，其显示响应于生酮膳食的癫痫发作保护作用和生酮作用与肠道微生群的改变相关联。部分A显示喂以对照膳食CD或生酮膳食KD2、4、8、10或14天的小鼠的独立群组中响应于6Hz刺激的癫痫发作阈值左侧。n＝8、6、9、20、6CD；8、7、12、21、5KD。在膳食性处理后14天，在经癫痫发作测试小鼠的代表性群组中的行为右侧。在y＝10秒处的虚线代表用于对癫痫发作进行评分的阈值，并且在24mA处的三角表示每个实验群组的起始电流。n＝16。部分B显示喂以CD或KD2、4、8、10或14天的小鼠的独立群组中的血清葡萄糖水平。将数据相对于各时间点处在SPFCD小鼠中所见的血清葡萄糖水平加以归一化。n＝8、5、8、8、19CD；8、8、8、7、19KD。部分C显示喂以CD或KD2、4、8、10或14天的小鼠的独立群组中的血清β-羟基丁酸BHB水平。n＝8、13、8、8、37CD；8、16、8、7、38KD。部分D显示基于对来自喂以CD或KD0、4、8或14天的小鼠的独立群组的粪便的16SrDNA剖析，对加权左侧和未加权右侧UniFrac距离矩阵的主坐标分析PCoA。n＝3笼9只小鼠组。部分E显示来自喂以CD或KD14天的小鼠的粪便16SrDNA测序数据的α-多样性。n＝3笼组。部分F显示由粪便16SrDNA测序数据获得的嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种的相对丰度。n＝3笼9只小鼠组。数据呈现为平均值±s.e.m.。使用邦弗伦尼检验的双因素ANOVAa-c、e，使用邦弗伦尼检验的克鲁斯凯-沃利斯Kruskal-Wallis检验f：P6只小鼠用于充分推动各实验组。为测定各实验组的CC50，向每个群组的每个实验组的第一小鼠施用24mA电流，随后以2mA间隔进行固定增加或降低。在刺激期间手动约束小鼠，接着释放至新笼中以进行行为观察。使用EthovisionXT软件Noldus记录运动行为，并且对跌倒、尾部背屈斯特劳布尾Straubtail、前肢阵挛、眼触须抽动和行为缓解的定量测量进行手动评分。对于各行为参数，我们观察到在24mA癫痫发作期间的发生百分比与微生群状况或组癫痫发作易感性之间无关联，从而表明微生群对癫痫发作发生而非呈现或形式具有主要作用。使用Ethovision以及用电子计时器手动对探索潜伏期从实验小鼠被释放至观察笼中时在角膜刺激之后开始直至它首次侧向运动所流逝的时间评分。盲化测试膳食内各组。由于膳食诱导的粪便颜色变化，所以跨越不同膳食组的真正盲化是不可能的。然而，来自试探性实验的结果揭示在从以盲化方式相对于非盲化方式测试的相同实验组获取的结果之间无显著差异。如果小鼠不显示癫痫发作行为以及在10s内恢复正常探索行为，那么将它们评分为被保护免遭癫痫发作。使用每个实验组的平均对数电流间隔阶跃，如先前61所述测定癫痫发作阈值CC50，其中样本n定义为显示较小频率癫痫发作行为的动物子组。用于计算CC50的数据也显示为在各电流强度的情况下的探索潜伏期，其中n代表每组的生物重复实验的总数而与癫痫发作结果无关。葡萄糖测量通过心脏穿刺来收集血液样品，并且将SST真空采血管BectonDickinson旋转以达成血清分离。根据制造商说明书CaymanChemical，通过比色测定来检测血清中的葡萄糖水平。将跨越多个实验汇编的数据表示为相对于各实验内的SPF对照加以归一化的葡萄糖浓度。β-羟基丁酸BHB测量通过心脏穿刺来收集血液，并且通过SST真空采血管BectonDickinson来旋转以达成血清分离。洗涤结肠，并且用PBS冲洗以移除管腔内含物。对额叶皮质、海马、下丘脑和小脑进行显微解剖，并且收集肝并在PBS中洗涤。将组织样品于RIPA溶解缓冲液ThermoScientific中在冰上在20mV下以10s间隔加以声波处理。根据制造商说明书CaymanChemical，通过比色测定来检测血清中的BHB水平。将数据相对于如通过BCA测定ThermoPierce检测的总蛋白质含量加以归一化。将跨越多个实验汇编的数据表示为相对于各实验内的SPF对照加以归一化的BHB浓度。16SrDNA微生物群系剖析使用MoBioPowerSoil试剂盒从小鼠粪便样品或结肠管腔内含物提取细菌基因组DNA，其中样本n反映每笼含有3只小鼠的独立笼数。根据从62改编的方法产生文库。使用个别条型码化通用引物和30ng经提取基因组DNA，对16SrDNA基因的V4区进行PCR扩增。一式三份建立PCR反应，并且使用QiaquickPCR纯化试剂盒Qiagen纯化PCR产物。以通过Kapa文库定量试剂盒KapaBiosystems，KK4824定量的相等摩尔浓度汇合纯化PCR产物，并且由Laragen,Inc.使用IlluminaMiSeq平台和2x250bp试剂盒进行双端测序来加以测序。通过基于与Greengenes13_5数据库具有97％序列类似性进行开放参照OTU挑选来选择操作分类单元OTU。利用每个样品85,134个读段，使用QIIME1.8.063进行分类指定和稀释。使用PICRUSt64，从闭合参照OTU表推断宏基因组。将结果过滤以显示图S7C中与氨基酸代谢相关的最佳72个基因。微生群常规化从成体SPFSwissWebster小鼠新鲜收集粪便样品，并且于预还原PBS中在每个粪粒1ml下加以均质化。通过口服管饲来向接受GF小鼠施用100ul沉降混悬液。对于模拟处理，用预还原PBS对小鼠进行管饲。抗生素处理根据先前由Reikvam等,PloSone6,2011所述的方法，每日每12小时用万古霉素50mgkg、新霉素100mgkg和甲硝哒唑100mgkg的溶液对SPF小鼠进行管饲，持续7天。将氨苄青霉素1mgml提供于饮用水中随意取用。对于模拟处理，每日每12小时用正常饮用水对小鼠进行管饲，持续7天。对于Kcna1--小鼠，将饮用水补充以万古霉素500mgml、新霉素1mgml和氨苄青霉素1mgml，持续1周以排除癫痫发作易犯性小鼠中口服管饲的应激。经抗生素处理小鼠中的限菌定殖和细菌富集在厌氧条件下，在补充以0.05％III型猪胃粘蛋白SigmaAldrich的脑心浸液BHI培养基中培养嗜粘蛋白艾克曼菌ATCCBAA845。使粪副拟杆菌ATCC43184和迪氏副拟杆菌ATCC8503在厌氧条件下在强化梭菌培养基RCM中生长。将109cfu细菌混悬于200ul预还原PBS中，并且口服管饲至经抗生素处理小鼠或无菌小鼠中。当以“嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种”形式共同施用时，2:1:1的比率用于嗜粘蛋白艾克曼菌:粪副拟杆菌:迪氏副拟杆菌。对于模拟处理，用预还原PBS对小鼠进行管饲。试探性研究揭示在定殖组之间在作为与细菌负荷相关的量度的粪便DNA浓度或16SrDNA扩增方面无显著差异。将小鼠维持在微型隔离笼中，并且加以无菌处理。在定殖之后14天对小鼠进行癫痫发作测试。粪便微生群移植从持续14天喂以KD或CD的供体小鼠新鲜收集粪便样品，并且在50mgml下混悬于预还原PBS中。通过口服管饲100ul混悬液来对经抗生素处理小鼠进行定殖处理。对于模拟处理，用预还原PBS对小鼠进行管饲。将小鼠舍饲在微型隔离笼中，并且加以无菌处理。在移植之后4天进行癫痫发作测试。细菌处理如上所述在厌氧条件下新鲜培养嗜粘蛋白艾克曼菌、粪副拟杆菌和迪氏副拟杆菌，接着洗涤，集结，并且在5×109cfuml下重悬于预还原PBS中。嗜粘蛋白艾克曼菌与副拟杆菌属种在2:1:1比率下制备。对于热杀灭，将细菌放置在95℃下持续10分钟。用200ul细菌混悬液或作为媒介物对照的无菌预还原PBS每12小时对小鼠进行管饲，持续28天。Kcna1癫痫发作记录EEG植入和恢复。记录来自6-7周龄的雄性和雌性Kcna1--小鼠的EEG。Kcna1++同窝仔畜用作对照。我们观察到在雄性与雌性之间在癫痫发作频率和持续时间方面无显著差异。呈现的数据包括两个性别。用异氟烷5％诱导，2％维持使小鼠麻醉，并且将眼用软膏施加于各眼。沿头部去毛，并且用氯己定chlorohexidine和70％异丙醇进行3次交替擦洗来清洁区域。在生物安全橱柜中，使小鼠定位在立体定位设备HarvardBiosciences中，并且沿切口部位局部施加1mgkg利多卡因lidocaine+1mgkg丁哌卡因bupivacaine。使用无菌手术工具，沿背部中线从眼后缘至介于肩胛骨中间的位点产生2cm切口。沿背部侧腹产生皮下袋，并且用无菌盐水冲洗所述袋。插入无线遥测发射器，其中双电位导线呈颅侧定向。依次用3％过氧化氢和70％异丙醇清洁头颅。使用1.0mm微型钻头，对头颅进行穿孔以在前囟与人字缝尖之间的半途上，并且离矢状缝1-2mm处产生两个小孔。历经额顶皮质在硬膜上植入双侧EEG记录电极DataSciencesInternationalDSIPhysioTel，ETA-F10。将无菌丙烯酸施加于干燥区域。切口部位用可吸收5-0缝合线闭合，并且依次用3％过氧化氢和70％乙醇清洁。将动物个别地舍饲在经热压处理的微型隔离笼中，并且使其恢复3-5天，随后启动记录。数据获取和分析在EEG记录期间，动物自由移动，并且采用实验膳食加以维持。使用DSIPonemahV5.1数据获取系统历经3天获取EEG迹线。使行为性癫痫发作的同步视频记录与EEG记录相关联，并且基于经改编拉辛Racine量表来评分并以5个阶段加以规定：1肌阵挛性抽搐，2头部刻板和面部阵挛，3双侧性和交替性前肢后肢阵挛，4站立和跌倒，和5全身性强直-阵挛发作。由盲化研究者使用NeuroscoreCNS软件DSI分析数据。使用10Hz高通滤波器过滤EEG信号，并且通过盲化手动评分来检测癫痫发作事件。将癫痫发作定义为具有幅值以超过6s持续时间是背景的至少2倍大的高频率高电压同步异质棘波形式的样式。将尖峰频率测定为在给定癫痫发作的情况下超过基线出现的尖峰的数目，并且分析每只小鼠在各时期的5个代表性癫痫发作的在各尖峰之间随时间而变化的尖峰间间隔。将最大尖峰幅值的持续时间测定为每只小鼠在各时期的5个代表性癫痫发作的在是基线的3倍大的尖峰的情况下花费的时间百分比。结肠管腔和血清代谢物组学从跨越各独立笼的舍饲小鼠收集样品，其中每笼至少2只小鼠。由终末小鼠解剖收集结肠管腔内含物，立刻快速冷冻在液氮中，并且储存在-80℃下。通过心脏穿刺来收集血清样品，使用SST真空采血管分离，并且冷冻在-80℃下。使用自动化MicroLabSTAR系统HamiltonCompany制备样品，并且由Metabolon,Inc.在GCMS、LCMS和LCMSMS平台上分析。通过用有机水性溶剂连续提取来移除蛋白质部分，使用TurboVap系统Zymark浓缩，并且真空干燥。对于LCMS和LC-MSMS，在含有11种注射标准物的酸性或碱性LC可相容溶剂中复原样品，并且在WatersACQUITYUPLC和Thermo-FinniganLTQ质谱仪上操作，采用线性离子阱前端和傅里叶变换离子回旋共振质谱仪后端。对于GCMS，使用双三甲基-甲硅烷基-三氟乙酰胺在干燥氮气下使样品衍生化，并且使用电子碰撞电离在Thermo-FinniganTraceDSQ快速扫描单四极杆质谱仪上分析。化学实体通过与纯化标准物的代谢物组学文库条目进行比较来鉴定。在对数变换以及用各化合物的最小观察值插补之后，使用单因素ANOVA分析数据以测试群组效应。基于双因素ANOVA对比来计算P值和q值。主成分分析用于显现方差分布。进行监督随机森林SupervisedRandomForest分析以确认代谢物组学预测准确性。海马代谢物组学使海马组织在1ml冷的80％MeOH中均质化，并且在冰上剧烈混合，随后离心1.3*104rpm，4℃。将5ug上清液转移至玻璃小瓶中，补充5nmolDL-正缬氨酸，在真空下干燥，并且最后重悬于70％乙腈中。对于样品的基于质谱测定法的分析，将5l注射于LunaNH2150mm×2mm，Phenomenex管柱上。用与QExactive质谱仪ThermoScientific联用的UltiMate3000RSLCThermoScientific分析样品。QExactive以全扫描模式，在70-1050的mz范围下，采用极性转换+4.00kV-4.00kV加以操作。使用A5mMNH4AcOpH9.9和BACN实现分离。梯度以15％A起始，历经18分钟达到90％A，继之以持续9分钟的等度步骤，以及倒转至初始15％A，持续7分钟。使用准确质量测量≤3ppm、纯净标准物的保留时间和MS2片段化样式，用TraceFinder3.3定量代谢物。使用R进行数据分析，包括主成分分析和分级聚类。氨基酸补充4周龄SwissWebsterSPF小鼠用抗生素处理，用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种定殖，并且持续14天喂以KD，如以上方法中所述。在第11天的晚上开始，用生酮氨基酸混合物SigmaAldrich--含L-亮氨酸2.0mgkg、L-赖氨酸2.0mgkg、L-酪氨酸2.4mgkg、L-色氨酸1.6mgkg和L-苏氨酸3.1mgkg的无菌PBS，每12小时对小鼠进行腹膜内注射，持续3天。浓度基于对各氨基酸报道的于小鼠血液中的生理水平26以及在我们的代谢物组学数据集中对于各氨基酸观察到的在对照SPFCD小鼠与AkkPbKD小鼠之间的倍数变化表S4。经媒介物处理小鼠用PBS200ul30g小鼠注射。在第14天，在末次早晨氨基酸注射之后2小时对小鼠进行6Hz癫痫发作测试，伴有在行为测试室中的先前1小时驯化时期。GGsTop处理对于野生型小鼠：对4周龄SPFSwissWebster小鼠喂以随意取用的CD，持续14天。在第11天的晚上开始，用含13.3mgkg3-[[3-氨基-3-羧基丙基甲氧基磷酰基]氧基]苯乙酸GGsTop，TocrisBioscience的无菌水每12小时对小鼠进行口服管饲。经媒介物处理小鼠用无菌水200ul30g小鼠进行管饲。在第14天，在末次早晨GGsTop管饲之后2小时对小鼠进行6Hz癫痫发作测试，伴有在行为测试室中的先前1小时驯化时期。对于Kcna1小鼠：对3-4周龄Kcna1--小鼠喂以随意取用的CD，持续23天。在第15天，如以上Kcna1癫痫发作记录章节中所述植入EEG发射器。在第18天的晚上，用13.3mgkgGGsTop每12小时对小鼠进行口服管饲，直至第21天的早晨。在末次管饲之后2小时开始，通过EEG来历经3天记录癫痫发作。交互饲养体外测定如先前所述测量交互饲养。将嗜粘蛋白艾克曼菌于5ml预还原的补充以1％琼脂的基于CD或KD的液体培养基中在2x106cfuml下埋置在厌氧管的底部，并且将粪副拟杆菌于5ml预还原的M9基本培养基中在6×106cfuml下叠加在它之上。基于膳食的培养基通过将上述小鼠KD膳食相对于CD膳食无菌混悬于M9培养基中以达到2kcalml来产生。试探性实验确认无经埋置嗜粘蛋白艾克曼菌从琼脂区室异位移位至上方M9液体区室中。对于各时间点，从顶部和底部区室获取等分试样，以系列稀释方式涂铺在丰富培养基RCM用于粪副拟杆菌，并且BHI+0.05％粘蛋白用于嗜粘蛋白艾克曼菌中，并且对菌落计数。对于GGsTop预处理实验，使粪副拟杆菌与500uMGGsTop相对于媒介物一起在RCM培养基中在37℃下孵育2小时，接着用无菌培养基洗涤。试探性实验揭示GGsTop预处理对粪副拟杆菌活力无显著影响。GGT活性测定如先前在vanderStel,FrontiersinMicrobiology6,5672015中所述测量GGT活性。对于厌氧培养，将细菌在3×105cfuml下接种于基于CD的培养基和基于KD的培养基中。使1ml细菌混悬液集结，并且在-80℃下冷冻1小时。将同一混悬液的单独等分试样涂铺于BHI粘蛋白琼脂培养基或RCM中，并且在37℃下在Coy厌氧腔室中孵育以用于用细菌cfu进行稍后数据归一化。接着将集结块重悬于250ul溶解缓冲液具有1ugml溶菌酶的50mMTris-HCl中，并且在冰上孵育30分钟。对于粪便样品，将一个粪粒称重，并且在1ml溶解缓冲液中均质化。接着对细菌混悬液和粪便混悬液进行声波处理QSonica125，并且在4℃下在12000xg下离心10分钟。使20ul上清液与180ul底物缓冲液2.9mML-γ-谷氨酰基-3-羧基-4-硝基酰苯胺GoldBio、100mM甘氨酰基甘氨酸SigmaAldrich、100mMTris-HCl和500uMGGsTop如果指示混合。使用自动化多模式板读取器BiotekSynergyH1，在37℃下每分钟测量表示产生3-羧基-4-硝基苯胺的在405nm下的吸光度，持续1小时。肠可渗透性测定在7am开始，将小鼠禁食4小时，随后用0.6gkg4kDaFITC-右旋糖酐SigmaAldrich进行管饲。在管饲之后4小时，通过心脏穿刺来收集血清样品，于水中稀释3倍，并且相对于在水中稀释3倍的正常小鼠血清中的储备FITC-右旋糖酐的标准稀释系列，使用SynergyH9多模式板读取器Biotek在521nm下一式两份读取荧光强度。统计分析使用Prism软件GraphPad进行统计分析。评估数据的正态分布，并且在图中绘制为平均值±s.e.m.。对于各图，n＝独立生物重复实验的数目。无样品或动物从分析排除。使用双尾未配对史都登Studentt检验，采用韦尔奇氏修正Welch’scorrection来评估两个处理组之间的差异。在仅具有一个变量的2个组之间的差异使用采用邦弗伦尼Bonferroni事后检验的单因素ANOVA来评估。通过采用邓恩氏事后检验Dunn’sposthoctest的非参数单因素ANOVA来分析Kcna1小鼠的数据。采用邦弗伦尼事后检验的双因素ANOVA用于具有两个变量例如癫痫发作时间过程、BHB时间过程、代谢物组学数据、细菌生长曲线的≥2个组。采用重复测量和邦弗伦尼事后检验的单因素ANOVA用于GGT测定。根据以上检验而显现的显著差异在图中由*P0.05，**P0.01，***P0.001，****P0.0001指示。可觉察的接近显著差异0.5P0.1在图中加以指示。可觉察的非显著以及非接近显著差异在图中由“n.s.”指示。实施例2：生酮膳食改变肠道微生群并且赋予针对癫痫发作的保护作用难治性癫痫的6Hz精神运动性癫痫发作模型涉及低频率角膜刺激以诱导暗示人颞叶癫痫的局灶性认知障碍性癫痫发作。KD针对6Hz癫痫发作进行保护，如由为在50％的测试受试者中引发癫痫发作所需的电流强度CC50，癫痫发作阈值增加所指示。对无特定病原体SPFSwissWebster小鼠喂以6:1脂肪:蛋白质KD或维生素和矿物质匹配的对照膳食CD。相较于CD对照，食用KD的小鼠展现响应于6Hz刺激的癫痫发作阈值升高图1A、血清葡萄糖降低图1B和血清β-羟基丁酸BHB；图1C增加。在CD组相对于KD组之间，在食物消耗或重量增加方面不存在显著差异。除使癫痫发作阈值升高之外，生酮膳食也改变肠道微生群的组成图1D，使α-多样性降低图1E，并且使嗜粘蛋白艾克曼菌的相对丰度增加图1F。在喂以KD的小鼠中，副拟杆菌属种、萨特菌属种Sutterellaspp.和丹毒丝菌科种Erysipelotrichaceaespp.也升高，而在喂以对照膳食的小鼠中，别样棒菌属种Allobaculumspp.、双歧杆菌属种和脱硫弧菌属种Desulfovibriospp.升高图2。这些结果揭示肠道微生群的组成响应于KD而得以快速和显著改变。实施例3：肠道微生群赋予生酮膳食的抗癫痫发作作用测量无菌GF和经抗生素Abx处理SPF小鼠的6Hz精神运动性癫痫发作阈值以确定肠道微生群是否为生酮膳食的抗癫痫发作作用所必需。相较于CD对照SPFCD，持续14天喂以KD的SPF小鼠SPFKD展现癫痫发作阈值增加和微生群改变图3A和图1D。这在GF小鼠图3A和经Abx处理SPF小鼠图3C的情况下被消除，从而指示肠道微生群为KD介导的癫痫发作保护作用增加所需。用SPF肠道微生群使GF小鼠常规化使KD相关癫痫发作保护作用恢复至在天然SPFKD小鼠的情况下所见的水平图3A，此表明微生物对KD癫痫发作抗性的介导作用不取决于断奶前微生群定殖，并且微生群主动介导由KD达成的癫痫发作保护作用。值得注意的是，微生物对KD相关癫痫发作抗性的调节不与血清BHB或葡萄糖水平的变化相关联图3B和图3D。在各组之间在肠BHB、肝BHB或脑BHB的水平方面也不存在显著差异。总之，这些数据证明肠道微生群为KD在6Hz癫痫发作模型中的抗癫痫发作作用所需，并且进一步表明肠道微生物通过不涉及BHB水平改变的机理来调节癫痫发作易感性。为确定是否特定细菌分类单元介导响应于KD的癫痫发作保护作用，将经Abx处理SPF小鼠用所选KD相关细菌定殖，喂以KD，接着进行6Hz癫痫发作测试图4。用109cfu的以下细菌对小鼠进行管饲：i嗜粘蛋白艾克曼菌；ii1:1比率的粪副拟杆菌和迪氏副拟杆菌，其作为来自人微生群的与副拟杆菌操作分类单元读段具有最高同源性的由KD富集的代表性肠副拟杆菌属种图1D；或iii2:1:1比率的嗜粘蛋白艾克曼菌、粪副拟杆菌和迪氏副拟杆菌。在管饲之后14天，对结肠管腔内含物的16SrDNA测序揭示用嗜粘蛋白艾克曼菌处理的小鼠具有43.7±0.4％嗜粘蛋白艾克曼菌相对丰度。用副拟杆菌属种进行管饲的小鼠具有70.9±4.0％相对丰度，并且用两个分类单元进行管饲的小鼠具有49.0±4.1％嗜粘蛋白艾克曼菌和22.5±5.4％副拟杆菌。与这个一致，对来自用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种处理的小鼠的结肠切片的FISH处理展现嗜粘蛋白艾克曼菌探针MUC1437以及拟杆菌属种和副拟杆菌属种探针BAC303的杂交增加，其中从BAC303阳性细胞至最接近MUC1437阳性细胞的平均距离是0.64±0.09微米。嗜粘蛋白艾克曼菌与副拟杆菌属种两者均定位于小鼠结肠的管腔，而非粘膜间隙。在喂以CD的小鼠相对于喂以KD的小鼠之间，在重量、血清葡萄糖水平或嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种富集方面不存在显著差异。独立于定殖和癫痫发作状况，BHB在喂以KD的组中被类似诱导。这些数据揭示由Abx处理继之以口服管饲外源性细菌所达成的微生群消减导致它们的持久肠富集，截至接种后14天。用单独KD进行的处理使癫痫发作阈值升高24.5％，从在SPFCD小鼠的情况下的19.4±0.8mA升高至在SPFKD小鼠的情况下的24.2±0.3mA。而共同施用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种使在喂以KD的经Abx处理小鼠的情况下针对6Hz癫痫发作的保护作用恢复，使阈值升高36.0％，从在AbxKD小鼠的情况下的19.9±0.3mA升高至在AkkPbKD小鼠的情况下的27.0±0.5mA图4A。细菌富集的癫痫发作保护作用为嗜粘蛋白艾克曼菌与粪副拟杆菌所特有，因为用嗜粘蛋白艾克曼菌和迪氏副拟杆菌进行管饲的小鼠不展现恢复癫痫发作保护作用。在单独嗜粘蛋白艾克曼菌或副拟杆菌属种的富集之后，在癫痫发作阈值方面不存在显著增加图4A，从而指示两者均为介导生酮膳食的抗癫痫发作作用所需。用在经CD处理小鼠中增加图1F的长双歧杆菌Bifidobacteriumlongum处理也无作用图4A。此外，当相较于副拟杆菌单定殖或嗜粘蛋白艾克曼菌单定殖在GF小鼠中时，嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种共同定殖在GF小鼠中促进响应于KD的癫痫发作保护作用图4C。总之，这些研究结果揭示嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种响应于生酮膳食而增加，并且介导它在6Hz癫痫发作模型中的保护作用。实施例4：肠道微生群对喂以对照膳食的小鼠充分赋予癫痫发作保护作用为确定KD相关肠道微生物是否也对喂以对照膳食的小鼠赋予抗癫痫发作作用，经Abx处理小鼠用来自喂以CD或KD的SPF小鼠的CD微生群相对于KD微生群加以移植，并且在4天膳食性处理之后测试它们对6Hz癫痫发作的易感性。经Abx处理小鼠用于模拟涉及用Abx预处理以使天然微生群消减的临床粪便移植方法。基于以下因素选择第4天：i截至那个时间，KD能够诱导显著微生群变化图1D、图1F和图5A，以及ii有证据表明在从KD变换成CD之后4天，KD微生群展现不完全逆转成CD概况图6A。相较于喂以CD的对照，用CD微生群移植并喂以KD4天的小鼠显示癫痫发作阈值增加图5A。用KD微生物群系移植，但喂以CD4天的经Abx处理小鼠也展现癫痫发作保护作用。这表明用KD微生群进行定殖使在喂以CD的小鼠的情况下的癫痫发作阈值升高。然而，值得注意的是，在第28天在KD微生群完全逆转成CD概况之后，癫痫发作保护作用被消除图6B，此表明需要KD微生群、膳食和神经元活性之间的持久相互作用。相较于副拟杆菌属种、嗜粘蛋白艾克曼菌或长双歧杆菌对照，在使嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种在喂以CD的经Abx处理SPF小鼠中富集之后观察到类似抗癫痫发作作用图5B。然而，相对于SPFCD对照，在用单独Abx处理的SPFCD小鼠的情况下的癫痫发作阈值增加使对这些结果的解释混乱图5B。为使这个不确定性明晰，应用用以探究用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种进行的外源性处理是否在喂以CD的小鼠中赋予抗癫痫发作作用的细菌处理方法。用109cfu嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种或用媒介物每日两次对SPFCD小鼠进行管饲，持续28天。相对于媒介物管饲的对照，这个细菌处理使癫痫发作阈值增加图6C。与用喂以生酮膳食的小鼠进行的实验图4一致，这个癫痫发作保护作用未在用单独嗜粘蛋白艾克曼菌处理的动物中观察到，此揭示共同施用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种为癫痫发作保护作用所需图5C。此外，相较于经媒介物处理对照，用经热杀灭细菌处理使癫痫发作阈值降低，此表明活细菌为赋予抗癫痫发作作用所必需，并且细菌细胞表面和或细胞内因子的释放促进对6Hz癫痫发作的敏感性。需要持久暴露于嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种，因为在停止处理21天之后，癫痫发作阈值的增加丧失图6C。此外，未在仅处理4天的小鼠中观察到癫痫发作保护作用图6D，此表明需要长期暴露。总之，这些研究结果揭示粪便移植KD微生群和用KD相关分类单元嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种进行细菌处理在喂以对照膳食的小鼠中赋予针对6Hz精神运动性癫痫发作的保护作用。实施例5：KD相关细菌使Kcna1--小鼠的强直-阵挛癫痫发作减轻癫痫是一种具有不同临床呈现的异质病症。为确定微生群是否影响不同癫痫发作类型，在关于颞叶癫痫和在癫痫情况下的突然意外死亡SUDEP的Kcna1--小鼠模型中测试肠道微生群在调节全身性强直-阵挛癫痫发作方面的作用。Kcna1--小鼠具有电压门控钾通道Kv1.1α亚单位的无效突变，从而模拟人KCNA1基因变体与癫痫、阵发性共济失调和SUDEP的关联。Kcna1--小鼠显现重度自发性复发性癫痫发作，此由KD减轻54％。Kcna1--SPFC3HeBFeJ小鼠用Abx或媒介物处理1周，用媒介物或嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种进行管饲，并且喂以KD或CD3周。癫痫发作频率和持续时间通过EEG来历经3天加以记录，其中电子图癫痫发作基于由以下5个时期组成的特征性癫痫样尖峰样式图7C来鉴定：A低频率背景，伴有低电压尖峰化，B同步高频率高电压尖峰化，C高频率低电压尖峰化，D未同步高频率高电压尖峰化，和E高频率爆发性尖峰化。此外，EEG癫痫发作样式用通过5个阶段来鉴定的刻板化癫痫发作行为加以确证。在喂以KD的小鼠与喂以CD的小鼠之间，在重量增加、食物消耗方面不存在显著差异。未观察到在各组之间的存活差异。相较于喂以CD的Kcna1--对照，喂以KD的Kcna1--小鼠展现肠道微生群概况改变图7A，伴有嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种的增加。值得注意的是，相较于在SwissWebster小鼠中所见的KD诱导的富集图1F，这些变化是轻微的而非统计显著的，此强调宿主基因型对基线微生群组成和KD响应具有影响。经媒介物处理Kcna1--小鼠展现持续15-180秒的癫痫发作，伴有平均最大尖峰幅值490±26uV图7C。观察到相较于喂以CD的Kcna1--对照，在喂以KD的Kcna1--小鼠的情况下的癫痫发作发生和持续时间降低图7D，这与如先前所述的KD介导的癫痫发作保护作用一致。相较于经媒介物处理的喂以KD的Kcna1--对照，用Abx预处理以使肠道微生群消减的Kcna1--小鼠展现每天癫痫发作和总癫痫发作持续时间显著增加图7D。在每次癫痫发作的尖峰频率、尖峰间间隔和平均持续时间方面不存在显著差异，此表明Abx处理和消减肠道微生群对癫痫发作发生具有主要作用。此外，用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种对经Abx处理Kcna1--小鼠进行定殖使癫痫发作频率和癫痫发作总持续时间朝向在经媒介物处理的喂以KD的Kcna1--对照中所见的水平降低图7D。这表明用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种进行处理在具有不同基线微生群和经膳食改变的微生群的小鼠品系在这个情况下是C57Bl6相对于C3HeBFeJ中类似地赋予癫痫发作保护作用。总之，这些研究结果支持来自固有肠道微生群的所选细菌物种跨越不同癫痫发作类型和模型来介导KD的抗癫痫发作作用的见解。实施例6：微生群调节肠道、血清和脑代谢物组代谢物组学剖析用于鉴定喂以CD的SPF小鼠以及喂以KD的SPF小鼠、经Abx处理SPF小鼠和嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种经富集小鼠的结肠管腔内含物和血清中的候选微生群依赖性分子图8A和图9A。结肠管腔内含物和血清中的代谢物组学概况以关于结肠管腔代谢物的预测准确性94％和关于血清代谢物的预测准确性87.5％区分了癫痫发作受保护喂以KD的经媒介物处理SPF小鼠和喂以KD的嗜粘蛋白艾克曼菌与副拟杆菌属种经富集小鼠组与癫痫发作易感性喂以CD的经媒介物处理SPF小鼠和喂以KD的经Abx处理SPF小鼠组。大多数的高度有助于组区分的代谢物与氨基酸代谢相关，包括赖氨酸、酪氨酸和苏氨酸的衍生物。此外，观察到相较于癫痫发作易感性组，来自癫痫发作受保护组的结肠管腔内含物图8C和血清图8D中的生酮γ-谷氨酰基化氨基酸的子组—γ-谷氨酰基GG-亮氨酸、GG-赖氨酸、GG-苏氨酸、GG-色氨酸和GG-酪氨酸—广泛降低。这表明肠道微生群调节γ-谷氨酰基化自身或生酮GG-氨基酸的选择性代谢，并且生酮GG-氨基酸的增加与癫痫发作易感性相关联。支持这个见解的是，经插补宏基因组预测细菌基因的KD相关改变与氨基酸代谢相关。这些数据揭示肠道微生群对肠和全身性代谢物组学KD响应具有显著影响，并且进一步揭示KD诱导的癫痫发作保护作用与生酮GG-氨基酸水平的微生群依赖性改变之间的关联。脑依赖于必需氨基酸的主动输入以推动神经递质素生物合成，因此，对外周氨基酸生物可用度的波动敏感。特定来说，GG-氨基酸据假设相较于非γ-谷氨酰基化形式展现转运性质增加。基于揭示血清生酮氨基酸的膳食和微生群依赖性改变的数据、氨基酸输入与脑GABA水平之间的关联、以及GABA有助于KD的抗癫痫发作作用的流行理论，考查了作为癫痫发作传播的关键区域的海马中的GABA和谷氨酸的整体水平。海马代谢物概况区分了癫痫发作受保护小鼠的样品相对于癫痫发作易感性小鼠的样品。相较于喂以CD的对照，喂以KD的SPF小鼠中的海马GABA谷氨酸盐比率显著增加图8D，左侧。这些增加在喂以KD的经Abx处理小鼠中被消除，并且在经Abx处理小鼠富集有嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种之后得以恢复图8D。对于海马谷氨酰胺谷氨酸和GABA的前体水平，观察到类似变化图8D，右侧。总之，这些结果揭示在谷氨酰胺的生物可用度方面的膳食和微生群依赖性调控，以及在癫痫发作受保护小鼠中，相对于谷氨酸，海马GABA水平优先增加。实施例7：细菌γ-谷氨酰基化影响癫痫发作易感性基于发现相对于癫痫发作易感性实验组，癫痫发作受保护实验组的结肠管腔和血清中的必需生酮GG-氨基酸减少，假设对生酮GG-氨基酸的微生群依赖性限制对于介导KD的抗癫痫发作作用是重要的。γ-谷氨酰基化形式的氨基酸通过来自谷胱甘肽的GG部分转肽于氨基酸上来产生。为确定氨基酸的γ-谷氨酰基化是否影响癫痫发作易感性，用作为GGT的选择性不可逆抑制剂的GGsTop对SPFCD小鼠进行管饲3天。用GGsTop处理的SPFCD小鼠展现癫痫发作阈值朝向在SPFKD小鼠中所见的水平增加图10A。类似地，用GGsTop处理的喂以CD的SPFKcna1--小鼠的EEG记录显示每天癫痫发作显著减少图7E。这证明外周抑制γ-谷氨酰基化和限制GG-氨基酸促进癫痫发作保护作用，这与相较于癫痫发作易感性对照，观察到来自癫痫发作受保护组的结肠管腔内含物和血清中的生酮GG-氨基酸的代谢物组学降低一致。为确定是否氨基酸的限制而非谷胱甘肽的分解代谢为KD微生群的抗癫痫发作作用所必需，通过每日两次腹膜内注射持续3天来用组合亮氨酸、赖氨酸、苏氨酸、色氨酸和酪氨酸对喂以KD的嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种经富集小鼠进行补充，接着进行6Hz癫痫发作测试。基于血清代谢物组学数据计算氨基酸的生理相关浓度，以使各自的剂量使血液水平恢复至在经媒介物处理SPFCD对照中所见的水平。升高生酮氨基酸的全身性水平使癫痫发作阈值降低至在经媒介物处理SPFCD对照中所见的水平图10B。这表明限制外周生酮氨基酸为介导微生群和KD依赖性癫痫发作抗性增加所必需。宿主细胞与特定细菌物种两者均展现GGT活性。为获得对KD以及嗜粘蛋白艾克曼菌与副拟杆菌属种之间的相互作用是否在体内抑制细菌γ-谷氨酰基化的了解，测量从喂以CD或KD的SPF小鼠或嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种经富集小鼠收集的粪便样品中的GGT活性。相较于CD对照，用KD对SPF小鼠喂食使粪便GGT活性降低图10C。在使嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种在喂以CD的小鼠中富集之后，观察到类似粪便GGT活性降低。此外，相对于在SPFKD小鼠和SPFCD小鼠中所见，使嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种富集以及用KD喂食进一步使粪便GGT活性降低。使所有粪便样品暴露于GGT抑制剂GGsTop都使检测信号消除，从而确认测量结果反映GGT活性。与此一致，相对于经媒介物处理对照和用经热杀灭细菌处理的小鼠，用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种处理喂以CD的SPF小鼠使粪便GGT活性降低图10D。总之，这些数据揭示使嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种富集或用嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种进行外源性处理使粪便GGT活性降低，此可解释在癫痫发作受保护小鼠中观察到的低水平的结肠和血清GG-氨基酸。为探究细菌γ-谷氨酰基化是否受嗜粘蛋白艾克曼菌与副拟杆菌属种之间的相互作用的影响，测量在体外交互饲养系统中生长的细菌中的GGT活性。当将嗜粘蛋白艾克曼菌于基于CD或KD的琼脂中埋置，并且将粪副拟杆菌于M9基本培养基中叠加在所述琼脂上时，两种细菌均展现生长增强图10E和图10F，此表明嗜粘蛋白艾克曼菌释放可溶性因子以使得能够达成粪副拟杆菌生长，并且转而粪副拟杆菌使嗜粘蛋白艾克曼菌生长增强。试探性实验揭示当叠加在于KD或CD琼脂中埋置的粪副拟杆菌上时，嗜粘蛋白艾克曼菌于M9培养基中不生长，此表明嗜粘蛋白艾克曼菌不能仅依赖于与粪副拟杆菌的交互饲养来持续。粪副拟杆菌展现高GGT活性，所述活性通过添加于CD或KD琼脂中埋置的嗜粘蛋白艾克曼菌而消除图10G和图10H。为确定粪副拟杆菌中的GGT活性降低是否促进嗜粘蛋白艾克曼菌生长，粪副拟杆菌用媒介物或GGsTop预处理以在药理学上抑制GGT活性，随后在交互饲养测定中测试。相较于暴露于经媒介物处理粪副拟杆菌的嗜粘蛋白艾克曼菌，在孵育之后24小时，暴露于用GGsTop预处理的粪副拟杆菌的嗜粘蛋白艾克曼菌展现生长增加图11B。总之，这些研究结果表明嗜粘蛋白艾克曼菌能够代谢来自KD和CD膳食的组分以支持粪副拟杆菌生长，并且协作性相互作用使GGT活性降低。转而，粪副拟杆菌中的GGT活性降低促进嗜粘蛋白艾克曼菌生长。这与发现嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种的富集使粪便GGT活性、结肠管腔GG-氨基酸和血清GG-氨基酸减少一致。这证明氨基酸限制为癫痫发作保护作用所需，并且抑制GGT促进癫痫发作保护作用。这与将GGT活性与癫痫发作严重性改变相关联的先前研究一致。在对75名癫痫患者的研究中，相较于对照，在84.5％的患者中观察到高血清GGT活性。在大鼠癫痫发作模型中，在5次连续每日电击递送之后，GGT活性增加。在动物和人中，各种外周氨基酸的减少与KD介导的癫痫发作抑制相关联。基于本文数据和关于外周氨基酸作为用于脑神经递质素生物合成的底物的作用的现有文献，假设细菌对GG-氨基酸的调控使推动GABA谷氨酸代谢的氨基酸的脑输入改变图8。值得注意的是，若干肠道细菌据报道会重新合成GABA；然而，循环GABA展现跨越血脑屏障的有限转运。此外，肠道微生群的变化已与脑GABA水平的改变相关联，但涉及的分子机理仍然不明确。需要额外研究来确定GG-氨基酸是否影响氨基酸的脑转运以及谷氨酸相对于GABA的局部合成。总之，这个研究证明所选KD相关肠道细菌-嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种—在小鼠难治性癫痫模型中在介导和赋予癫痫发作保护作用方面具有新颖作用。在人、仓鼠、松鼠和蟒蛇禁食期间以及响应于小鼠中的热量限制和高多不饱和脂肪膳食，而类似地观察到嗜粘蛋白艾克曼菌增加。在人中，嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种也与酮症增加和生酮膳食正性相关。本文数据揭示KD促进所选微生物-微生物相互作用所利用的可能路径，所述相互作用使宿主生酮GG-氨基酸水平降低，并且使得在海马中，相对于谷氨酸，GABA的总生物可用度升高。药理学抑制γ-谷氨酰基化使癫痫发作阈值增加，此表明GGT活性降低对于在小鼠中介导KD相关肠道微生群的抗癫痫发作作用是重要的。值得注意的是，鉴于在GF条件下缺乏细菌GGT活性与癫痫发作易感性相关联，有可能的是嗜粘蛋白艾克曼菌和副拟杆菌属种贡献除抑制GGT活性之外的也可有助于癫痫发作保护的作用。以引用的方式并入本文提及的所有出版物和专利都据此以引用的方式整体并入本文，所述引用的程度就好像已明确地和个别地指示将各个别出版物或专利以引用的方式并入本文一样。在起冲突的情况下，将以包括本文任何定义的本申请为准。等效物尽管已讨论本发明的特定实施方案，但以上说明书是说明性的而非限制性的。本发明的许多变化形式将在审阅本说明书和以下权利要求后变得为本领域技术人员显而易知。本发明的完全范围应通过参照权利要求连同它们的完全范围的等效物一起以及说明书连同所述变化形式一起来确定。

权利要求：1.一种预防或治疗受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。2.一种通过改变受试者中的神经递质素生物合成来预防或治疗所述受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。3.一种通过改变受试者中的血清生酮氨基酸来预防或治疗所述受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。4.一种通过使受试者中的γ-谷氨酰转肽酶活性降低来预防或治疗所述受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。5.一种通过使受试者中的谷氨酰胺合成酶活性降低来预防或治疗所述受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。6.一种通过使受试者中的γ-谷氨酰基氨基酸减少来预防或治疗所述受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。7.一种通过使受试者中的GABA谷氨酸盐比率水平增加来预防或治疗所述受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。8.一种通过使受试者中的谷氨酰胺水平增加来预防或治疗所述受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。9.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述艾克曼菌属Akk的所述细菌包括嗜粘蛋白艾克曼菌。10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述副拟杆菌属Pb的所述细菌包括粪副拟杆菌。11.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述副拟杆菌属Pb的所述细菌包括迪氏副拟杆菌。12.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少10％是艾克曼菌属Akk。13.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少30％是艾克曼菌属AKK。14.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少50％是艾克曼菌属Akk。15.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少70％是艾克曼菌属Akk。16.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少90％是艾克曼菌属Akk。17.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少10％是副拟杆菌属Pb细菌。18.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少30％是副拟杆菌属Pb细菌。19.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少50％是副拟杆菌属Pb细菌。20.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少70％是副拟杆菌属Pb细菌。21.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少90％是副拟杆菌属Pb细菌。22.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述疾患是癫痫发作，任选其中受试者患有例如选自癫痫、自闭症谱系障碍、雷特综合征、注意力缺陷障碍和脆性X染色体综合征的神经发育疾患。23.如权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述受试者患有选自阿尔茨海默氏病、亨廷顿氏病、帕金森氏病、肌萎缩性侧索硬化ALS、癌症、中风、代谢疾病、线粒体病症、抑郁症、偏头痛和创伤性脑损伤TBI的疾患。24.如权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是对照膳食。25.如权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是生酮膳食。26.如权利要求1至25中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是高脂肪膳食。27.如权利要求1至26中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是低碳水化合物膳食。28.如权利要求1至27中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制用于经口递送。29.如权利要求1至28中任一项所述的方法，其中所述组合物是食物产品。30.如权利要求29所述的方法，其中所述食物产品是乳制品。31.如权利要求29所述的方法，其中所述食物产品是酸奶。32.如权利要求1至27中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制用于经直肠递送。33.如权利要求1至32中任一项所述的方法，其中所述组合物是自我施用的。34.一种治疗或预防受试者中的对生酮膳食起响应的疾患的方法，其包括a使所述受试者的肠道微生群消减，b向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。35.如权利要求34所述的方法，其中所述组合物被配制用于经口递送。36.如权利要求34或权利要求35所述的方法，其中所述组合物是食物产品。37.如权利要求34所述的方法，其中所述组合物被配制用于经直肠递送。38.如权利要求30所述的方法，其中所述组合物包含粪便样品，所述粪便样品包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb。39.如权利要求38所述的方法，其中所述粪便样品来自粪便库。40.如权利要求34至39中任一项所述的方法，其进一步包括向所述受试者施用抗生素以使所述受试者的肠道微生物群消减。41.如权利要求34至40中任一项所述的方法，其进一步包括对所述受试者的肠道微生物群测序。42.如权利要求34至41中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是对照膳食。43.如权利要求34至42中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是生酮膳食。44.如权利要求34至43中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是高脂肪膳食。45.如权利要求34至43中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是低碳水化合物膳食。46.如权利要求34所述的方法，其中所述组合物是自我施用的。47.如权利要求34至46中任一项所述的方法，其中所述疾患是癫痫发作，任选其中所述受试者患有例如选自癫痫、自闭症谱系障碍、雷特综合征、注意力缺陷障碍和脆性X染色体综合征的神经发育疾患。48.如权利要求34至47中任一项所述的方法，其中所述疾患选自阿尔茨海默氏病、亨廷顿氏病、帕金森氏病、肌萎缩性侧索硬化ALS、癌症、中风、代谢疾病、线粒体病症、抑郁症、偏头痛和创伤性脑损伤TBI。49.一种组合物，其包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌。50.如权利要求49所述的组合物，其中所述艾克曼菌属Akk的所述细菌包括嗜粘蛋白艾克曼菌。51.如权利要求49所述的组合物，其中所述副拟杆菌属Pb的所述细菌包括粪副拟杆菌。52.如权利要求49所述的组合物，其中所述副拟杆菌属Pb的所述细菌包括迪氏副拟杆菌。53.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少10％是艾克曼菌属Akk细菌。54.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少30％是艾克曼菌属Akk细菌。55.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少50％是艾克曼菌属Akk细菌。56.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少70％是艾克曼菌属Akk细菌。57.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少90％是艾克曼菌属Akk细菌。58.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少10％是副拟杆菌属Pb细菌。59.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少30％是副拟杆菌属Pb细菌。60.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少50％是副拟杆菌属Pb细菌。61.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少70％是副拟杆菌属Pb细菌。62.如权利要求49至52中任一项所述的组合物，其中所述组合物中所述细菌的至少90％是副拟杆菌属Pb细菌。63.如权利要求49所述的组合物，其中所述组合物被配制用于经口递送。64.如权利要求63所述的组合物，其中所述组合物是食物产品。65.如权利要求64所述的组合物，其中所述食物产品是乳制品。66.如权利要求65所述的组合物，其中所述乳制品是酸奶。67.如权利要求49所述的组合物，其中所述组合物被配制用于经直肠递送。68.一种预防或治疗受试者中的疾患的方法，其包括向所述受试者施用包含艾克曼菌属Akk和副拟杆菌属Pb的细菌的组合物。69.如权利要求68所述的方法，其中所述疾患是自闭症谱系障碍、癫痫、癫痫发作、阿尔茨海默氏病、亨廷顿氏病、帕金森氏病、肌萎缩性侧索硬化ALS、癌症、中风、代谢疾病、线粒体病症、抑郁症、偏头痛、雷特综合征、注意力缺陷障碍、脆性X染色体综合征和创伤性脑损伤TBI。70.如权利要求68或69所述的方法，其中所述艾克曼菌属Akk的所述细菌包括嗜粘蛋白艾克曼菌。71.如权利要求68至70中任一项所述的方法，其中所述副拟杆菌属Pb的所述细菌包括粪副拟杆菌。72.如权利要求68至71中任一项所述的方法，其中所述副拟杆菌属Pb的所述细菌包括迪氏副拟杆菌。73.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少10％是艾克曼菌属Akk。74.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少30％是艾克曼菌属AKK。75.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少50％是艾克曼菌属Akk。76.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少70％是艾克曼菌属Akk。77.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少90％是艾克曼菌属Akk。78.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少10％是副拟杆菌属Pb细菌。79.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少30％是副拟杆菌属Pb细菌。80.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少50％是副拟杆菌属Pb细菌。81.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少70％是副拟杆菌属Pb细菌。82.如权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述组合物中所述细菌的至少90％是副拟杆菌属Pb细菌。83.如权利要求68至82中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是对照膳食。84.如权利要求68至83中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是生酮膳食。85.如权利要求68至84中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是高脂肪膳食。86.如权利要求68至85中任一项所述的方法，其中所述受试者正在采用某种膳食，并且所述膳食是低碳水化合物膳食。87.如权利要求68至86中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制用于经口递送。88.如权利要求68至87中任一项所述的方法，其中所述组合物是食物产品。89.如权利要求88所述的方法，其中所述食物产品是乳制品。90.如权利要求88所述的方法，其中所述食物产品是酸奶。91.如权利要求68至86中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制用于经直肠递送。92.如权利要求68至91中任一项所述的方法，其中所述组合物是自我施用的。

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