申请/专利权人：北京百奥智汇科技有限公司

申请日：2024-03-08

公开（公告）日：2024-06-25

公开（公告）号：CN118248211A

主分类号：G16B20/30

分类号：G16B20/30;G16B20/20;G16B40/00;G16B30/00;G06F18/15;G06F18/214;G06F18/2431

优先权：

专利状态码：在审-公开

法律状态：2024.06.25#公开

摘要：本发明公开了一种预测抗体特异性的方法、装置、设备及存储介质。所述方法包括对目标抗体序列库进行高通量筛选；将筛选得到的序列保存为Fastq文件；对Fastq文件进行预处理；使用机器学习或深度学习方法训练模型，对预处理后的Fastq文件中抗体序列进行处理，获得引起亲和力差异的特征；对步骤抗体序列进行对数似然比的计算，对抗体序列的抗原特异性进行预测。本发明提出一种可以从抗体序列预测抗原特异性以优化抗体的算法，该算法在保持预测准确率较高的情况下又可以显著降低计算时间和算力。

主权项：1.一种预测抗体特异性的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1使用噬菌体展示技术得到不同轮次的抗体库，将若干轮次的抗体库作为亲和抗体文库，其余作为非亲和抗体文库，对亲和抗体文库和非亲和抗体文库中抗体进行高通量测序，得到序列信息；2将步骤1得到的序列信息保存为Fastq文件；3对步骤2得到的Fastq文件进行预处理；4使用机器学习或深度学习方法训练模型，对预处理后的Fastq文件中抗体序列进行处理，得到亲和抗体文库的矩阵和非亲和抗体文库的矩阵，每个矩阵的格式为：行为位点，列为氨基酸类型，矩阵元素的值为当前位点中各种氨基酸的数目统计；对所述亲和抗体文库的矩阵和非亲和抗体文库的矩阵按行归一化，得到亲和抗体文库的位点-氨基酸比例矩阵和非亲和抗体文库的位点-氨基酸比例矩阵；5利用步骤4得到的位点-氨基酸比例矩阵和待预测抗体的序列，基于多项分布的极大似然估计，按公式1计算待预测抗体相对于亲和抗体文库的似然度和相对于非亲和抗体文库的似然度，待预测抗体是亲和抗体的判断标准为待预测抗体相对于亲和抗体文库的似然度高于相对于非亲和抗体文库的似然度； 其中，Px|y表示似然度，x表示待预测抗体的序列，y表示亲和抗体文库的位点-氨基酸比例矩阵或非亲和抗体文库的位点-氨基酸比例矩阵，xpos表示待预测抗体的序列第pos个位点的氨基酸类型比例矩阵，ypos表示给定比例矩阵中第pos个位点的氨基酸类型，Pxpos|ypos表示对于给定比例矩阵下待预测抗体序列位点pos出现的条件概率，ΠposPxpos|ypos表示对所有位点的条件概率求积，py,pos,aa表示给定比例矩阵中第pos个位点中氨基酸aa的比例，xpos,aa表示待预测序列中位点pos的氨基酸是否为aa，其值可取0或1，表示求给定比例矩阵下带预测序列中所有位点及所有可能的氨基酸类型出现的概率积。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 北京百奥智汇科技有限公司 一种预测抗体特异性的方法、装置、设备及存储介质

免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。

阅读全文 双屏查看 官方信息 专利公告 收藏专利 下载PDF 下载WORD