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申请/专利权人：北京睿博解码生物科技有限公司;中国科学院生物物理研究所
申请日：2024-04-11
公开（公告）日：2024-06-28
公开（公告）号：CN118262791A
主分类号：G16B30/10
分类号：G16B30/10;G16B20/00;G16B50/00;G06F16/901
优先权：
专利状态码：在审-公开
法律状态：2024.06.28#公开
摘要：本发明涉及生物信息学技术领域，公开一种基于三代测序数据的通读转录本识别方法、系统、设备及介质，包括：将参考基因组数据划分为多个独立活跃区域的参考基因组数据；利用滑动窗口法和哈希函数，得到多个独立活跃区域中每一个独立活跃区域的多个滑动窗口的k‑mer存储数据；得到参考基因组数据的存储索引表，以供将待识别的三代测序数据的存储索引表与参考基因组数据的存储索引表进行比对和通读转录本识别。本发明能够被用于快速筛选大量在早期阶段不太可能被识别为通读转录本的序列，然后对较小的候选集进行更进一步的验证，有效提高识别通读转录本的准确性。
主权项：1.一种基于三代测序数据的通读转录本识别方法，其特征在于，包括：获取参考基因组数据，记为G，G＝{gene1，gene2，...，geneN}，其中，gene1，gene2，...，geneN表示参考基因组中的基因，N表示参考基因组中的基因的总数；将参考基因组数据划分为多个独立活跃区域的参考基因组数据，记为{IAR1，IAR2，...，IARj，...，IARM}，其中，IARj表示第j个独立活跃区域的参考基因组数据，M表示独立活跃区域的基因总数；根据多个独立活跃区域中每一个独立活跃区域的参考基因组数据，利用滑动窗口法和哈希函数，得到多个独立活跃区域中每一个独立活跃区域的多个滑动窗口的k-mer存储数据；根据多个独立活跃区域中每一个独立活跃区域的多个滑动窗口的k-mer存储数据，得到多个独立活跃区域中每一个独立活跃区域的存储索引表，进而得到参考基因组数据的存储索引表，以供将待识别的三代测序数据的存储索引表与参考基因组数据的存储索引表进行比对和通读转录本识别。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 北京睿博解码生物科技有限公司;中国科学院生物物理研究所 基于三代测序数据的通读转录本识别方法、系统、设备及介质
免责声明
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