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申请/专利权人：上海交通大学
申请日：2022-04-26
公开（公告）日：2024-06-21
公开（公告）号：CN114937477B
主分类号：G16C10/00
分类号：G16C10/00
优先权：
专利状态码：有效-授权
法律状态：2024.06.21#授权;2022.09.09#实质审查的生效;2022.08.23#公开
摘要：本发明公开了一种分子动力模拟的随机分批高斯和方法，涉及分子动力学技术领域。借助高斯和Sum‑of‑Gaussians,SOG逼近方法构建针对一般核函数的分解方式。基于SOG构建的核函数分解具有良好性质，进而可以将随机分批应用在傅里叶部分，达到节省通信时间的效果。随机分批高斯和方法RBSOG不仅能够节约库仑长程相互作用的计算时间，也可以适用于加速一般的长程相互作用。RBSOG算法作为一套新的快速长程相互作用计算方法，将为计算机辅助药物设计领域提供助力，也能够助力包括脱氧核糖核酸的聚集、蛋白质的折叠解折叠、探究核糖核酸逆转录在新冠病毒生命周期中发挥的作用在内的广泛的研究课题。
主权项：1.一种分子动力模拟的随机分批高斯和方法，其特征在于，包括构建基于高斯和逼近的核函数近远场分解方法；包括以下步骤：步骤1、对研究对象及粒子作用，选取足够精确的高斯和函数逼近其远场；步骤2、确定模拟参数，生成粒子的初始状态；步骤3、在每一个时间步计算粒子的受力情况；步骤3.1、随机分批在傅里叶空间采样频率，计算对应的长程作用；步骤3.2、使用近邻列表方法计算对应的短程作用；步骤3.3、综合长程作用和短程作用，以及伦纳德-琼斯势和成键相互作用力，计算每个粒子所受的合力；步骤3.4、利用运动方程进行时间演化迭代；步骤4、得到每个时间步的粒子构型，通过对应物理公式得到相关的物理量和动力学性质。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 上海交通大学 一种分子动力模拟的随机分批高斯和方法
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